ChIP-seq流程 重点看一下数据分析的部分 1、peak calling peak calling:查找DNA结合位点的步骤我们叫做peak calling 首先我们来看一下什么是peak:基于我的理解,peak就是reads峰,因为我们检测的就是和转录因子结合的区域,比对到参考基因组时,reads富集的地方的基因就是蛋白结合的基因。 2、peak注释 所谓的peaks注释,...
cd ~/chipseq/rename vim rename.tsv # 把如下内容输入进去,中间的空格是tab键 SRR30273118 control SRR30273119 p300 SRR30273120 BRD4 # 然后按下ESC键并输入:wq保存且退出rename.tsv文件 cat以下文件,查看内容 使用上述内容修改样本文件名称 export path="/home/lm/Z_Projects/chipseq" for i in {1..3} ...
ChIP-seq基本分析流程如上。课程将在这个基础上,提供更深入地分析指导。 座位按报名并成功缴费顺序从前到后龙摆尾式排序。 赠送价值188元线上生信基础课程一门,目前的《应用Python处理生物信息数据和作图》、《生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版》和《生物信息中的Linux应用》任选其一。(http://bioinfo.ke.qq....
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
Chip-seq 分析流程可以分为两个模块: 前期的准备工作, 包括软件的安装,数据的下载(或是自己测序的数据); Chip实验和数据获取: 第一步: 将蛋白交联到DNA上。 也就是保证蛋白和DNA能够结合,找到互作位点。 第二步: 通过超声波剪切DNA链。 第三步: 加上附上抗体的磁珠用于免疫沉淀靶蛋白。抗体很重要 ...
chip-seq数据分析大体流程,引自微信公众号《生信技能树》 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控:fastp; 测序数据比对:bowtie2; 比对数据排序等:samtools; callPeaks:MACS3; 差异peaks寻找及作图:DiffBind;deeptools; peaks注释:chipseeker; motif寻找: 0_3 conda环境安装 ...
写在前面:《一篇文章学会ChIP-seq分析(上)》《一篇文章学会ChIP-seq分析(下)》为生信菜鸟团博客相关文章合集,共九讲内容。带领你从相关文献解读、资料收集和公共数据下载开始,通过软件安装、数据比对、寻找并注释peak、寻找motif等ChIP-seq分析主要步骤入手学习,最后还会介绍相关可视化工具。
ChIP-seq分析的一般流程方法 现在ChIP-seq的数据基本是最常见的测序数据类型之一,主要有Transcription factor ChIP-seq和Histone ChIP-seq。前者是看转录因子的结合位置,后者是组蛋白修饰发生的位置。下面分享一下一般流程。 ChIP-seq 1.质控 (quality control)...