实验流程 image.png 使用软件 fastqc multiqc fastp bowtie2 macs2 Homer samtools enrichplot clusterProfiler ChIPseeker Galaxy(自动化生信分析网站) 样本选择&数据下载 image.png 选择如图的两个样本,然后到GEO上挑选对应的Input数据和H3K27AC数据。网址如下 GSM4969592 | DIPG XIII-H3K27AC Rep 1 GSM4969613 |...
将小鼠饲养在病原体的环境中,12小时光照/黑暗循环,温度保持22-24°C,相对湿度40–70%,吸入二氧化碳进行安乐死,提取样本对体细胞重编程,进行RNA-seq、ATAC-seq和ChIP-seq等测序分析。 结论 作者通过对小鼠体细胞重编程过程中进行转录组和ChIP-seq等测序分析,揭示了H3K27me3去甲基化酶JMJD3与KLF4在体细胞重编程...
拿到测序数据我们都会先做这一步,做法有很多种。 作者提供的流程中是用fastp对ChIP-seq数据进行过滤和质控。 Fig 3 中-w 指定运行的线程数, -l 默认值是15,长度小于该值的测序读段被去除,--detect_adapter_for_pe 默认情况下会自动检测单端测序数据的接头,加入此参数以适用于双端数据。 三 比对及比对后过滤...
目前对ATAC-seq的分析是存在障碍的:(1)首先在预处理的时候需要移动原始read,由于具有 9个碱基的重复;(2)由于Tn5的亲和力很强,并且TF短暂结合具有较弱的结合能力。 宝,我今天去跑代码了…
参考生信技能树1以及生信技能树2 只记录从数据下载,到最终结果展示,具体生物学知识请自行查阅 稍后关于ChIP-seq的背景知识我会再发布一篇文章。 数据下载:数据存放地址 关于环境配置和软件安装请参考我之前的RNA-seq分析流程 --- 1软件安装及环境配置 2 sra数据下载(采取aspera下载) cd/mnt/f...
Chip-seq 的实验流程 Chip(染色质免疫沉淀)实验的基本步骤大致如下: 通过使用甲醛交联蛋白质和 DNA,确保它们结合,从而能够识别互作位点 采用超声波技术对 DNA 链进行片段化处理 进行染色质免疫沉淀,这是 Chip 实验的核心环节。通过使用特异性抗体捕获目标蛋白,形成 DNA-蛋白质复合物,并进行孵育和离心,以收集免疫沉淀...
生信基础：ChIP-seq流程与结果解读ChIP-seq实验流程主要包括以下步骤:1. DNA与蛋白质交联: 通过细胞渗透性增强和甲醛处理，目标蛋白与DNA发生交联，随后进行细胞裂解和核DNA提取。2. 染色体片段化: 通过超声破碎或核酸酶消化，将染色体片段化。实验组使用超声产物与抗体-磁珠结合，对照组则直接解交联DNA。3...
高通量测序后的下游实验验证方法——ChIP-seq篇#生信分析 #组蛋白 #甲基化 #生物信息学 #表观遗传学 - 易基因科技于20240626发布在抖音,已经收获了4个喜欢,来抖音,记录美好生活!
7.ChIP-Seq的分析流程是什么？首先对原始下机数据（Raw Data）进行过滤，将过滤后得到的高质量序列(...