ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。DNase-Seq、ATAC-Seq、DNase-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究全基因组范围内检测染色质的开放程度,一般不知道对应的转录因子。DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ATAC-Seq技术利用Tn5转座酶仅切割未被结合蛋白保护dqDNA区域,被用来检测染色质结构的动态变化,ATAC-Seq和ChIP-Seq可以整合使用,以探索蛋白质调控基因表达的机制,从而可能识别由转录启动调控因子引起的转录差异,提供基因表达调控的统一视图
ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ATAC-seq:(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 染色体由核小体为单元组成,而蛋白质缠绕(我记得是1.75圈)在组蛋白上(8聚...
ATAC-seq 分析流程 （from Novogene）与其他常用技术的比较：ChIP-seq：直接检测与转录因子结合的DNA序列...
ChIP-Seq(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),即染色质免疫共沉淀技术,是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,利用特异性抗体富集蛋白质及其结合的DNA片段,从而验证蛋白质与DNA的相互作用关系。 ATAC-Seq、ChIP-Seq数据分析的整体思路基本一致,找到富集区域(Peaks),对Peaks进行Motif分析以及功能富集等分析。
ATAC-seq: 以下内容来自知乎:https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355 真核生物的DNA并不裸露在外面,而是与组蛋白相结合,即DNA缠绕在组蛋白上(即形成核小体),形成念珠状结构。然后,进一步折叠,压缩,并在其他架构蛋白的辅助作用下,形成染色体。 DNA复制时,DNA需要先从核小体上解下,即打开染色质,这部分开放的染色...