Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,用这个技术方法与其他方法结合是想去筛感...
ChIP 测序,也称为 ChIP-seq,是一种对特定组蛋白修饰、DNA 修饰或 TF 的位置进行检测的全基因组分析技术。ChIP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP) 与大规模并行的 DNA 测序相结合,以鉴定 DNA 相关蛋白的结合位点。如下图所示,蓝色的线表示DNA,ChIP-seq即使用针对特定DNA结合蛋白或组蛋白修饰的抗体来鉴定基因组中的结...
ATACseq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可...
ATAC-Seq技术利用Tn5转座酶仅切割未被结合蛋白保护dqDNA区域,被用来检测染色质结构的动态变化,ATAC-Seq和ChIP-Seq可以整合使用,以探索蛋白质调控基因表达的机制,从而可能识别由转录启动调控因子引起的转录差异,提供基因表达调控的统一视图
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ATAC-seq出来的结果,和传统方法出来的结果具有很强的一致性,同时也和基于组蛋白修饰marker的ChIP-seq有较高的吻合程度。也就是说,ATAC-seq中的peak,往往是启动子、增强子序列,以及一些反式调控因子结合的位点。 相比起来,ATAC-seq的重复性,比MNase-seq和DNase-seq的更强,操作起来也更加简单,而且只需要很少的细胞...
ATAC-seq利用DNA转座酶(Tn5)切割开放的DNA区域并结合二代高通量测序技术来研究染色质开放性的技术。 ChIP-seq是研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法。该技术广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等相关领域的研究。 1. ATAC-seq与ChIP-seq异同 ATAC-Seq (Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-th...
ChiP-seq一般都是加抗体去结合蛋白质,已知的组蛋白和转录因子对应功能可以在网上查,一般常见的histone包括H3K27me3(抑制位点)、H3K4me3(激活启动子)和H3K27ac(激活增强子和/或启动子)。H是指组蛋白位点,K是指赖氨酸位点,me是指甲基化修饰个数,ac是乙酰化修饰。有四种组蛋白,H2A、H2B、H3、H4 ...
ATAC-Seq与ChIP-Seq的不同的是ATAC-Seq是全基因组范围内检测染色质的开放程度,可以得到全基因组范围内的蛋白质可能结合的位点信息,一般用于不知道特定的转录因子,用此方法与其他方法结合筛查感兴趣的特定调控因子;但是ChIP-Seq是明确知道感兴趣的转录因子是什么,根据感兴趣的转录因子设计抗体去做ChIP实验拉DNA,验证感...
ChIP-Seq 是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究 DNA 和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和 DNA 一起富集,并对富集的 DNA 测序。 整体的分析思路一致,这些技术找富集区域,对富集区域进行功能分析。 相比起来,ATAC-seq 是用 Tn5 转座酶,操作起来也更加简单,重复性好,而且最重要的一点是实验只需...