1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.Differential analysis 5.Peak gene 6.Pathway analysis 7.Data visualization 1.Alignment base calling——Off-Line Basecaller software (OLB V1.8.0). Solexa CHASTITY quality filter【质量控制】 http://www.genomics.a...
另外顺带再贴一下前阵子发在 GB 上闹得沸沸扬扬的Wilcoxon rank-sum test,哈哈,作者面对 DESeq2 作者还做了文章发了后的回答。 Exaggerated false positives by popular differential expression methods when analyzing human population samples 作者Twitter 链接: Lesson learned from DE gene analysis on immunother...
之前看到有一些大佬在分析数据时使用了CEAS软件,看起来很好用:CEAS(ChIP-Enrichment Analysis Suite)是一种用于分析和解释 ChIP-seq 数据的工具套件,旨在识别和量化蛋白质-DNA 结合的富集区域及其生物学意义。CEAS 专注于 ChIP-seq 数据的后续分析和解读,包括在基因组中的富集模式、功能注释以及与其他数据集的比较。
本节涵盖更深入的 ChIPseq QC 和 MACS2 calling peaks 。会话部分：R 中 ChIPseq 数据的质量控制 pe...
ChIP-seq的一项关键分析是,通过显著数量的mapped reads来预测ChIPed蛋白在基因组上的结合区域。 灵敏度与特异度的平衡取决于合适的peak calling算法和归一化方法。 以ChIPed蛋白的类型为基础,分为: 点源性因子(point-source)如绝大多数TFs 广域富集因子如组蛋白标记 ...
不同处理条件的CHIP-seq的差异peaks分析:http://www.slideshare.net/thefacultyl/diffreps-automated-chipseq-differential-analysis-package 一个实际的CHIP-seq数据分析例子:http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ http://biow.sb-roscoff.fr/ecolebioinfo/trainingmaterial/chip-seq/docum...
本课程介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。
不同处理条件的CHIP-seq的差异peaks分析: http://www.slideshare.net/thefacultyl/diffreps-automated-chipseq-differential-analysis-package 一个实际的CHIP-seq数据分析例子: http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ http://biow.sb-roscoff.fr/ecolebioinfo/trainingmaterial/chip-seq/...
不同处理条件的CHIP-seq的差异peaks分析: http://www.slideshare.net/thefacultyl/diffreps-automated-chipseq-differential-analysis-package 一个实际的CHIP-seq数据分析例子: http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/ http://biow.sb-roscoff.fr/ecole_bioinfo/training_material/chip-seq...
3. Differential binding analysis(差异结合分析):比较不同实验条件下的Chip-seq数据,可以发现转录因子的结合差异。这些差异可能预示着调控基因表达的变化,并有助于理解转录因子在基因调控中的功能。 4. Annotation(注释):将识别出的峰区域与基因或其他功能元件进行注释,可以确定转录因子结合位点的关联基因和功能区域,进...