可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 在数据目录中,我们按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的峰值调用。 MEL 和 Ch12 细胞系中 Myc 的峰值调用可以在: data/peaks/ data/peaks/Mel_1_peaks.xls data/peaks/Mel...
在ChIP-Seq（染色质免疫沉淀测序）技术中，"peak"指的是基因组上的特定区域，这些区域富含由ChIP实验所...
转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
● 注释:提取peak附近最近的基因, 注释peak所在区域 ● 比较:估计ChIP peak数据集中重叠部分的显著性;整合GEO数据集,以便于将当前结果和已知结果比较 ● 可视化: peak的覆盖情况;TSS区域结合的peak的平均表达谱和热图;基因组注释;TSS距离;peak和基因的重叠。 1 初步查看 ##查看peaks分布位置covplot(peak,weightCol=...
那么,怎样对ChIP-seq峰的结合位置进行注释呢?本篇简介一个非常好用的R包,ChIPseeker,能够快速高效地获得预期结果。 1.输入数据准备 输入数据就是记录ChIP-seq峰位置的bed文件,这是ChIP-seq的常见数据格式,测序公司都会给提供的。如下示例,是在人类细胞中进行的ChIP-seq试验,经下机处理并和人参考基因组hg38比对后...
这里我们主要介绍ChIPseeker包用于ChIP-seq数据的注释与可视化,主要分为以下几个部分。 01 数据准备 在用ChIPseeker包进行注释前,需要准备两个文件: 1 注释peaks的文件 该文件需要满足BED格式。BED格式文件至少得有chrom(染色体名字),chromStart(染色体起始位点)和chromEnd(染色体终止位点),其它信息如name,score,strand等...
最典型的对于转录因子,通常都是位于基因的启动子区;其次是邻近的基因的注释,蛋白结合到DNA上之后,主要是发挥基因表达调控的功能,这些peaks区域附近的基因就作为其候选的调控基因。 Motif(基序)分析:在ChIP-seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的...
经过前面的CHIP-seq测序数据处理的常规分析,我们已经成功的把测序仪下机数据变成了BED格式的peaks记录文件,我选取的这篇文章里面做了4次CHIP-seq实验,分别是两个重复的野生型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates和两个重复的突变型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates,这样通过比较野生型和突变型MCF7细胞系的...
经过前面的CHIP-seq测序数据处理的常规分析,我们已经成功的把测序仪下机数据变成了BED格式的peaks记录文件,我选取的这篇文章里面做了4次CHIP-seq实验,分别是两个重复的野生型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates和两个重复的突变型MCF7细胞系的 BAF155 immunoprecipitates,这样通过比较野生型和突变型MCF7细胞系的...