转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
上面的批量代码其实就是为了统计全基因组范围的peak在基因特征的分布情况,也就是需要用到computeMatrix计算,用plotHeatmap以热图的方式对覆盖进行可视化,用plotProfile以折线图的方式展示覆盖情况。 computeMatrix具有两个模式:scale-region和reference-point。前者用来信号在一个区域内分布,后者查看信号相对于某一个点的分布...
peakAnno_GR<-as.GRanges(peakAnno)peakAnno_DF<-as.data.frame(peakAnno)peakAnno_GR[1:2,] 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图...
peakAnno_GR 3.可视化Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) ...
功能注释:其实并不是对peak进行注释的,而是对peak最临近的基因注释的,因此这部分就和传统的GO/KEGG等分析如出一辙啦。 一、安装R包ChIPseeker,各种报错及解决 按照教程在console输入:BiocManager::install("ChIPseeker") 报错:Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘BiocManager’ ...
peakAnno_GR 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) ...
不仅仅找了motif,还顺便把peaks注释了一下。得到的后缀为peakAnn.xls的文件就可以看到和使用R包注释的结果是差不多的。 还可以使用meme来找motif,需要通过bed格式的peaks的坐标来获取fasta序列。MEME,链接:http:/// HOMER结果 每个样本的分析结果保存在后缀为 "_MotifOutput" 的文件夹路径下,每个文件夹下均有已知...
四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的ChIPseeker,有的人用deeptool软件,还是比较推荐用ChIPseeker。 所谓Peak注释,就是得到了靶蛋白在基因组区域的结合峰位置后,对峰位置进行注释。注释有两类,genomic annotation和nearest gene annotation: ...
四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的ChIPseeker,有的人用deeptool软件,还是比较推荐用ChIPseeker。 所谓Peak注释,就是得到了靶蛋白在基因组区域的结合峰位置后,对峰位置进行注释...