转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPseeker 将为我们提供峰落在基因中的位置以及到 ...
peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno) peakAnno_GR[1:2, ] peakAnno_GR 3.可视化Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar...
csAnno 对象包含有关基因的单个峰的注释信息。要从 csAnno 对象中提取它,ChIPseeker 函数 as.GRanges 或 as.data.frame 可用于生成具有峰及其相关基因的相应对象。 peakAnno_GR <- as.GRanges(peakAnno) peakAnno_DF <- as.data.frame(peakAnno) peakAnno_GR[1:2, ] 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来...
顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰: 如果峰与基因重叠,则通常将峰注释为基因。 2. Peak 注释 ChIPseeker 是一个有用的基因峰注释包。通过在小鼠 TXDB 对象(mm10 基因组)的来源中使用预定义的注释,ChIPse...
四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的ChIPseeker,有的人用deeptool软件,还是比较推荐用ChIPseeker。 所谓Peak注释,就是得到了靶蛋白在基因组区域的结合峰位置后,对峰位置进行注释。注释有两类,genomic annotation和nearest gene annotation: ...
四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的ChIPseeker,有的人用deeptool软件,还是比较推荐用ChIPseeker。 所谓Peak注释,就是得到了靶蛋白在基因组区域的结合峰位置后,对峰位置进行注释...
peakAnno_GR 3. 可视化 Peak 注释 现在我们有了来自 ChIPseeker 的注释峰,我们可以使用 ChIPseeker 的一些绘图功能来显示基因特征中峰的分布。在这里,我们使用 plotAnnoBar 函数将其绘制为条形图,但 plotAnnoPie 会生成类似于饼图的图。 plotAnnoBar(peakAnno) ...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
四、Peak annotation与可视化 包括基因组注释、GO分析、Pathway 分析、motif 查找等等,目前有的用Y叔的ChIPseeker,有的人用deeptool软件,还是比较推荐用ChIPseeker。 所谓Peak注释,就是得到了靶蛋白在基因组区域的结合峰位置后,对峰位置进行注释。注释有两类,genomic annotation和nearest gene annotation: ...
genomic annotation注释：annotation列，注释的是peak的位置，它落在什么地方了，可以是UTR，可以是内含子或者外显子 nearest gene annotation（最近基因）注释：多出来的其它列，注释的是peak相对于转录起始位点（TSS）的距离，不管这个peak是落在内含子或者别的什么位置上，即使它落在基因间区上，都能够...