为了对ChIP-seq的峰位置进行注释,查看蛋白主要结合到基因组的哪些区域,首先需要准备对应物种的基因组注释库。 例如,上述给定的示例bed文件来源物种是人,因此就需要准备人类参考基因组注释库。有些R包,例如org.Hs.eg.db中提供了已经构建好的人类参考基因组注释库,可以直接调用。此外,也可以通过GenomicFeatures包,读取基...
5.注释ChIP-seq的峰位置(多个bed文件的批量处理) 很多情况下,ChIP-seq试验不止作了一次,可能存在多个bed文件有待处理。如果这时,一个个分别注释就会略显繁琐。好在ChIPseeker也提供了批量注释的方法,如果有多个bed文件,可以放在一个list里面统一执行,更加高效。 参考以下示例,两个bed文件的注释,参考基因组仍然是人类h...