#读取chipseq峰的bed文件peak1<-readPeakFile('ChIP-seq1.bed')peak2<-readPeakFile('ChIP-seq2.bed')peaks<-list(peak1=peak1,peak2=peak2)#注释peakAnnoList<-lapply(peaks,annotatePeak,TxDb=spompe,tssRegion=c(-3000,3000),addFlankGeneInfo=TRUE,flankDistance=5000)#分别输出结果write.table(peakAnn...
4.注释ChIP-seq的峰位置(单个bed文件的注释) 好了,接下来就展示ChIPseeker注释ChIP-seq峰的全过程。 已知上述ChIP-seq的bed文件获取过程中,比对的参考基因组来自hg38,因此首先通过本地准备的人类参考基因组hg38的gff3注释文件,构建本地注释库,随后读取ChIP-seq的bed文件进行注释。 !!!*** #推荐手动构建TxDb注释...