R语言实现CHIP-seq数据分析 ChIP-Seq是将ChIP(Chromatin Immuno precipitation)与二代测序技术相结合的技术,高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。ChIP也称为结合位点分析法,是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具,通常用于修饰组蛋白、转录因子、辅因子以及其他染色质蛋白在染色质上的定位...
ChIP-seq结果绘图经典R包-ChIPseeker 导语 GUIDE ╲ ChIPseeker包的原创者是南方医科大学Y叔大佬,设计的最初目的是用于ChIP-seq数据的macs peak calling结果分析以及结果可视化,后来逐渐也适用于相关的peak分析(ATAC-seq,DNase-seq)。 背景介绍 今天小编给大家带来的是ChIP-seq数据分析中必备的R包--ChIPseeker的使用解读...
现在通过你的R中打开R markdown脚本systemPipeChIPseq.Rmd,例如:vim-r、Rstudio,然后按照如下进行运行。 2.2.1 在计算节点运行 R 在Vim中打开此工作流的Rmd文件并通过F2(或其他)键附加已连接的R后,使用以下命令序列在计算机节点上运行R。 q("no") # 关闭节点上运行的R srun --x11 --partition=short --me...
ChIPseeker作为一个功能强大表观基因组富集分析包,应用范围不局限于ChIP-seq,还可以扩展到其他各种peak的注释和lncRNA的注释,它的可视化功能也是十分强大。相信小伙伴们也对它有了更深刻的了解! 大家如果有什么想学习的可以在后台联系小编哦!慢慢给大家安排上!
在文件目录复制R Project文件,直接打卡R即可定位到该文件夹,不用翻文件了。 QQ截图20220813191310.png 我们现在需要的是peaks目录下的.bed文件。(软件安装部分详见https://www.jianshu.com/p/be9f7b52d042) 结果的注释用的是Y叔的Chipseeker包。 ChIPseeker的功能分为三类: ...
一、简单验证 （1）目标基区域转录因子结合/组蛋白修饰的验证：CHIP-qPCR （2）检测目标基因的mRNA表达...
一、安装R包ChIPseeker,各种报错及解决 按照教程在console输入:BiocManager::install("ChIPseeker") 报错:Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘BiocManager’ 于是输入:install.packages("BiocManager")先安装BiocManager。 再输入BiocManager::install("ChIPseeker") ...
fastqc-t20-o /picb/epiginome/usr/majunjie/DATA/RNA-Seq/fastq /picb/epigenome/usr/majunjie/DATA/RNA-Seq/MCF10AR1.fastq #-t 设置线程数 #-o 设置输出文件路径 查看建库之后的测序质量,若质量不过关需要去掉测序接头以及低质量的序列在进行进一步的分析。
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、...
ChIPseqR, an algorithm designed for the identification of nucleosomes. This method provides a number of parameters that allow it to be adjusted to different types of experiments but here we focus on the analysis of end-sequenced mononucleosomes after digestion with MNase. ChIPseqR is applied ...