本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...
RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录因子,为结直肠癌的研究提供了重要的表观基因组数据和新的关键调控因子。
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...
每个CMS亚群特异性gain VEL的数量。当一个CMS亚组中一个VEL的平均RPM比其他三个高1.5倍时,确定亚组特异性gain VEL。 基于GO(生物过程)和通路数据库(Reactome)中注释基因集的显著重叠分析,对与CMS2特异性gain VEL相关的靶基因进行功能注释。 四个CMS亚群中CEL和DPEP1基因位点归一化H3K27ac的Meta轨迹。
Chip——精选推荐 Chip 一、摘要 实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting super enhancer associated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC、Bowtie...
RPM公式:(某位置的reads数目÷所有染色体上总reads数目)×1000000 6.2 使用wigToBigWig转化格式 6.3安装IGV(Integrative Genomics Viewer)对结果可视化 从IGV官网下载windows版本http://software.broadinstitute.org/software/igv/download根据提示安装 直接点击打开igv.jar或者对bat文件以管理员身份运行 ...
本研究通过对结直肠癌组织(肿瘤组织和癌旁组织)进行全基因组水平上的多组学测序(ChIP-seq、RNA-seq、全基因组测序),提供了结直肠癌临床组织的全面的活性增强子图谱,通过实验鉴定出10多个超级增强子在结直肠癌中的作用,发现调控PHF19和TBC1D16的超级增强子是致癌的超级增强子,揭示KLF3是一个新的结直肠癌的致癌转录...
CHIP及ChIP-seq实验服务 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation, ChIP)是用于研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。通过对ChIP富集得到的DNA片段进行大规模测序(ChiP-seq),可获得数百万条序列标签,并能把所关注...