极低的reads深度:< 5M可用片段 2. 对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的...
实验至少设置两个生物学重复以确保可重复性。为了使ENCODE数据通过提交标准,使用IDR方法通过分析确定一致性,如果未达到标准,则需要进行第三次重复。通过IDR确定用于后续分析的高度可重复peak的截止值(通常使用1%的阈值)。 本ChIP实验设计指南确保了ChIP-seq实验能够产生高质量、可重复的数据,这对于后续的分析和生物学发现...
MACS2是最常用的peak-calling工具,不过没有任何工具可以达到100%准确度。因此,一种实用的策略是采用较为宽松的阈值获得大量包含真实阳性信号和干扰信号的peaks,然后使用另一种方法进一步提取以提高特异性(如使用不重复的发现率(IDR))在生物学重复中选择一致的信号。 (6)ChIP-seq 数据质量评估 ChIP-seq样品的质控(QC...
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。 以上为ENCODE数据库中组蛋白ChIP-seq...
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。
MACS2是最常用的peak-calling工具,不过没有任何工具可以达到100%准确度。因此,一种实用的策略是采用较为宽松的阈值获得大量包含真实阳性信号和干扰信号的peaks,然后使用另一种方法进一步提取以提高特异性(如使用不重复的发现率(IDR))在生物学重复中选择一致的信号。
来自独立细胞培养物、胚胎库或组织样本的生物重复实验用于评估可重复性。初始 RNA 聚合酶 II ChIP-seq 实验表明,两个以上的重复没有显著改善位点发现。因此ENCODE联盟设置了标准,即所有ChIP检测都将在两个独立的生物重复上进行。不可重复发现率(IDR)分析方法现在被用于评估重复一致性和设置阈值。
因此,一种实用的策略是采用较为宽松的阈值获得大量包含真实阳性信号和干扰信号的peaks,然后使用另一种方法进一步提取以提高特异性(如使用不重复的发现率(IDR))在生物学重复中选择一致的信号。 (6)ChIP-seq 数据质量评估 ChIP-seq样品的质控(QC)对于判断测序...
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。
对于转录因子ChIP-seq实验,通过计算IDR值(Irreproducibility Discovery Rate)来检测生物学重复之间的重复性。如果rescue和self consistency ratio均小于2,则实验成功。 其他指标 在没有定义阈值的情况下计算额外的指标,例如FRiP(fraction of reads in peaks),在比较类似实验时很有用。