ChromImpute是一种开创性的工具,可以使用十种最相关细胞类型训练回归树(regression tree),从每个缺失的实验推断信号。PREDICTD和Avocado利用张量分解(tensor decomposition)同时分析多个ChIP-seq数据。 data imputation是ChIP-seq实验的潜在替代方法,并且可能为收集生物学中所有可能细胞类型和环境条件的表观基因组数据开辟道路。
ChIPseq 的一个共同目标是表征全基因组转录因子结合位点或表观遗传状态。转录因子结合位点和表观遗传事件...
1. Data 今天我们将继续回顾我们在上一次研究的 Myc ChIPseq。 这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 我按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的峰值调用。 MEL 和 Ch12 ...
“数据去噪(Data de-noising)”旨在通过鉴定和去除数据中的噪声来改善现有的ChIP-seq数据质量。例如Coda对生成噪声过程进行编码,并使用卷积神经网络(CNN)恢复ChIP-seq数据中的信号。“数据重建(Data reconstruction)”旨在从silico的大型数据集中生成缺失的ChIP-seq数据。ChromImpute是一种开创性的工具,可以使用十种最相关...
今日,来自德国美因茨约翰内斯古腾堡大学生物学院的研究团队在著名期刊《Nucleic Acids Research》发表题为“Computational identification of cell-specific variable regions in ChIP-seq data”的文章,报道了一种可重复性评分的新方法。 论文截图 标准ChIP-seq实验通常包括实验设计中的复制测量,以便有适当的统计能力来识别...
“数据去噪(Data de-noising)”旨在通过鉴定和去除数据中的噪声来改善现有的ChIP-seq数据质量。例如Coda对生成噪声过程进行编码,并使用卷积神经网络(CNN)恢复ChIP-seq数据中的信号。“数据重建(Data reconstruction)”旨在从silico的大型数据集中生成缺失的ChIP-seq数据。ChromImpute是一种开创性的工具,可以使用十种最相关...
比如,针对DNA结合蛋白在全基因组结合位点分布的探索,开发了ChIP-seq技术;针对染色质开放程度的衡量,开发了DNase-seq,ATAC-seq技术;针对基因组甲基化水平的探索,开发了BS-seq;针对三维层次的调控研究,开发了Hi-C技术等。这些技术从不同层次,不同角度,不同维度衡量了非DNA序列对基因转录、表达的调控与影响,使我们...
~/chipdata$ conda install -y samtools #安装smatools ~/chipdata$ bowtie2-build arabidopsisDNA.fa arabidopsisindex #针对参考基因组建立index文件,并指定前缀名称为arabidopsisindex bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x /home/user/chipdata/arabidopsisindex -U chip.fastq | samtools sort -O bam -o /ho...
`seq1013`doascp-T-l200M-i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh--host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov--user=anonftp--mode=recv/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR680/SRR68063$i/SRR68063$i.sra./data/fastq-dump--split-3./data/SRR68063$i.sra-O./data/rm./data/SRR...
首先对原始下机数据（Raw Data）进行过滤，将过滤后得到的高质量序列(Clean Data)比对到该物种的参考...