1. Data 今天我们将继续回顾我们在上一次研究的 Myc ChIPseq。 这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 我按照上一节中概述的处理步骤提供了来自 MACS2 的峰值调用。 MEL 和 Ch12 ...
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479596_1.fastq -2 SRR5479596_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/sperm_input.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479599_1.fastq -2 SRR...
李敏俐. 2010. ChIP技术及其在基因组水平上分析DNA与蛋白质相互作用. 遗传. 32(3): 219-228. Tommaso Andreani, Steffen Albrecht, Jean-Fred Fontaine, Miguel A Andrade-Navarro, Computational identification of cell-specific variable regions in ChIP-seq data, Nucleic Acids Research, Volume 48, Issue 9...
ChIP-seq 分析:TF 结合和表观遗传状态(13) 1. Data 今天我们将继续回顾我们在上一次研究的 Myc ChIPseq。 这包括用于 MEL 和 Ch12 细胞系的 Myc ChIPseq。 可在此处[1]找到 MEL 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 可在此处[2]找到 Ch12 细胞系中 Myc ChIPseq 的信息和文件 我按照上一节中概述的处...
data/peaks/Ch12_1_peaks.xls 2. ChIP Peaks 在上一节中,我们回顾了如何使用 MACS2 等峰值调用程序识别假定的转录因子结合位点。 代码语言:javascript 复制 library(GenomicRanges)macsPeaks<-"data/peaks/Mel_1_peaks.xls"macsPeaks_DF<-read.delim(macsPeaks,comment.char="#")macsPeaks_GR<-GRanges(seqnames...
nohup bowtie-build /data4/gene/data/yhu/cssun/ref/TAIR10.fa ./Ara.bowtie 2>index.log & 得到文件: Ara.bowtie.1.ebwt Ara.bowtie.4.ebwt index.log Ara.bowtie.2.ebwt Ara.bowtie.rev.1.ebwt nohup.out Ara.bowtie.3.ebwt Ara.bowtie.rev.2.ebwt TAIR10.fa ...
genes <- lapply(peakAnnoList, function(i)as.data.frame(i)$geneId) vennplot(genes[2:4], by="Vennerable") #输出注释信息 peakAnnotable<-as.data.frame(peakAnno) write.table(peakAnnotable,file="peakanno.result",sep="\t",quote=F)
ChIP-Seq data:ChIP-seq数据数据,帮助,data,Data,data,ChIP,chip,seq,免疫共沉淀,反馈意见 文档格式: .pdf 文档大小: 512.17K 文档页数: 8页 顶/踩数: 0/0 收藏人数: 0 评论次数: 0 文档热度: 文档分类: 论文--毕业论文 文档标签: 数据帮助dataDataChIPchipseq免疫共沉淀反馈意见 ...
“数据去噪(Data de-noising)”旨在通过鉴定和去除数据中的噪声来改善现有的ChIP-seq数据质量。例如Coda对生成噪声过程进行编码,并使用卷积神经网络(CNN)恢复ChIP-seq数据中的信号。“数据重建(Data reconstruction)”旨在从silico的大型数据集中生成缺失的ChIP-seq数据。ChromImpute是一种开创性的工具,可以使用十种最相关...
mkdir rawdata qc clean align peak 等,相当于一下子建立这么多文件夹。以后每一个步骤都要保存到相应文件夹下。当然也可以现用现建立。 二、可以把不同的分析pipeline所需要的软件打包在不同的环境命令中 这个还没太搞懂。日后补充更新吧。 三、怎么把SRR这样的数据名转成有意义的sample name呢?