缝合增强子和其余的单个增强子按照ChIP-seq所测信号水平的强度排序,绘制一张曲线图,该曲线上斜率为1 的切线的切点所得的信号值为区分超强增强子和普通增强子之间的阈值,高于该值为超级增强子,其余的则称为普通增强子。我们使用ROSE软件进行增强子鉴定。 增强子/超级增强子鉴定 以肿瘤研究为例,鉴定出超级增强子之后,可以进...
LSEC细胞系中的NF-κB (RELA/p65) 进行ChIP-seq分析,将转录调控因子BRD4 和 HUVEC/LSEC细胞系 ChIP-seq强富集区域结合(图3c),超级增强子的排序算法(ROSE) (图 3d、e),使用染色体构象捕获(3C)实验(图 3f)。
这种peak形状和宽度变化影响最佳计算工具的选择。比如,ROSE用于检测超级增强子位点,Music用于计算要研究样本平均的peaks宽度。 (4)reads比对 使用Bowtie、Bowtie2或BWA等工具对测序reads(FASTQ或CSFSATQ格式)进行比对。Bowtie2和BWA可以通过gapped alignments比对考虑INDEL(insertions和deletions),这适用于长reads和双端reads...
首先,载入hg19基因组;接着载入两个normalised后的bw文件即可 7、ROSE鉴定Enhancer 7.1 ROSE程序安装 ROSE程序可以到http://younglab.wi.mit.edu/super_enhancer_code.html下载,并且有2.7G的示例数据 7.2 数据预处理 7.3运行ROSE程序 7.4 进行基因注释 7.5 编写R程序,绘制Enhancer及邻近基因 图表6 TE7.r程序 图表7...
增强子标记 H3K27ac 和 H3K4me1产生尖峰,但有时构建被称为“超级增强子”的广泛富集区域。H3K4me3启动子标记也可以覆盖小鼠卵母细胞中的广泛结构域。这种峰形和宽度的变化影响最佳计算工具的选择。例如,ROSE 专门设计用于检测超级增强子位点,它将多个增强子位点聚集在一起。Music可以估计需要研究的样本峰值的平均宽度。
使用ROSE筛选super-enhancer 下载Chip-seq原始数据 文献中提到,其原始数据上传在NCBI的GEO Dataset数据库中,编号GSE76861,在NCBI数据库中搜索到结果 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76861 在Samples栏目下,可以看到其上传的所有数据(点击More…来展开),其中 ...
饰H3K4me3和H3K27ac进行ChIP-seq分析超级增强子的分布模型,RSEG得到的结合峰通过非缝合ROSE 分析确定超级增强子。结果显示:与超级增强子距离在0.5Mb或1.0Mb以内的基因会受到超级增强子的 调控,而高达34%的与细胞表型相关的基因如DBH、CHGA、ASCL1(ADRN细胞特异表达)或WNT5A、 ...
此外,通过Manta分析和ROSE分析,结果发现整个数据集中位点数量虽然庞大,但只有约1%的位点显示出重叠区域,表明SV在特定区域中作为SE形成的直接触发因素。 这些发现揭示了SE在非CAGA LUAD患者中的潜在作用,助力非典型驱动基因的鉴定。 图1. A)SEs与结构变异两组重叠的基因组位点;B)CAGA和非CAGA LUAD患者中每个样本...
ROSE- richard A. Young, super enhancer,核心发现直接发Cell Chip-seq数据库 ENCODE project - 综合性数据库,DNA、RNA、蛋白质、表观修饰 Cistrome DB - human and mouse Chip-seq ReMap - human chipseq IHEC - 国际人类表观基因组联盟 ChIP-Atlas ...
Using ROSE from Young lab ROSE: RANK ORDERING OF SUPER-ENHANCERS **imPROSE - Integrated Methods for Prediction of Super-Enhancers Bedgraph, bigwig manipulation tools WiggleTools bigwig tool bigwig-python samtools bedtools my all-time favorite tool from Araon Quinlan' lab. Great documentation! Host...