ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证优劣势: 优势:高通量获得目的蛋白的专属DNA互作库,获得与目的蛋白的互作的DNA机制分子。 劣势:ChIP-Seq的DNA库鱼龙混杂,包含与目的蛋白直接/间接的互作DNA,非特异结合,残留DNA。ChIP-Seq技术和分析门槛高;ChIP-qPCR验证成功率低,导致研发进展反复跌宕,时间和经费成本占用较大,严重影响士气。
f. 使用 DNA 纯化离心柱从样品中纯化 DNA。 g. 纯化的DNA冻存于-20℃;用于qPCR验证或测序; 5. qPCR检测: 将Mix在4℃下融解,轻柔地上下颠倒混匀并进行短暂离心; 冰上配制下表中的反应液: c. 将反应管进行短暂离心,确保所有反应液在反应孔底部。 d. 采用三步法程序进行反应: 循环数步骤温度时间荧光采集 ...
解交联:洗脱得到抗体-目的蛋白-DNA复合物,去除非特异性结合的DNA片段,使用蛋白酶K/NaCl处理进行解交联,最后将DNA片段纯化回收。 验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图...
不同区域引入突变以确定关键结合位点 (2)检测目标区域的TF结合/组蛋白修饰变化:CHIP-qPCR; (3)检测荧光素酶报告基因的mRNA表达水平:RT-qPCR; (4)检测目标基因蛋白质表达水平:Western blot; (5)检测细胞功能受到的影响:免疫荧光显微观察、功能标志物测定…… 用于验证TF结合并调控下游基因的荧光素酶报告系统 04、...
辉骏生物使用ChIP-qPCR、ChIP-seq等技术在染色质免疫共沉淀ChIP研究实验技术服务超10年,公司在DNA与蛋白相互作用研究方面经验丰富,自有实验场地,ChIP外包代作服务价格优惠,实验数据已协助发表上千位客户发表高分论文
ChIP(染色质免疫共沉淀)是检测体内条件下DNA与蛋白质相互作用的方法,采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀,由此可以把目的蛋自所结合的基因组DNA片段也富集下来。ChIP-qPCR可以对目的片段进行定量分析,通过对目的序列的扩增,并与Input、阳性对照和阴性对照的量对比,就可以证明目的蛋白是否与预想的DNA序列发生了相互作用...
DNA-蛋白复合物去交联后，既可进行qPCR检测已知的DNA片段，也可通过二代测序的方法对与目的蛋白结合的DNA片段进行测序。当没有合适的目的蛋白（X）抗体时，可以通过表达融合了标签的目的蛋白，例如Flag，利用Flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-X，经裂解后与anti-Flag Beads孵育，目的蛋白与Flag融合的蛋白与Beads...
验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的...
最后一步是逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,然后纯化释放的DNA片段。通过实时荧光定量PCR(ChIP-qPCR)检测纯化出的DNA的质量,确定基因组感兴趣区域的富集程度。 经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...