ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证优劣势: 优势:高通量获得目的蛋白的专属DNA互作库,获得与目的蛋白的互作的DNA机制分子。 劣势:ChIP-Seq的DNA库鱼龙混杂,包含与目的蛋白直接/间接的互作DNA,非特异结合,残留DNA。ChIP-Seq技术和分析门槛高;ChIP-qPCR验证成功率低,导致研发进展反复跌宕,时间和经费成本占用较大,严重影响士气。
解交联:洗脱得到抗体-目的蛋白-DNA复合物,去除非特异性结合的DNA片段,使用蛋白酶K/NaCl处理进行解交联,最后将DNA片段纯化回收。 验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
DNA-蛋白复合物去交联后，既可进行qPCR检测已知的DNA片段，也可通过二代测序的方法对与目的蛋白结合的DNA片段进行测序。当没有合适的目的蛋白（X）抗体时，可以通过表达融合了标签的目的蛋白，例如Flag，利用Flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-X，经裂解后与anti-Flag Beads孵育，目的蛋白与Flag融合的蛋白与Beads...
辉骏生物使用ChIP-qPCR、ChIP-seq等技术在染色质免疫共沉淀ChIP研究实验技术服务超10年,公司在DNA与蛋白相互作用研究方面经验丰富,自有实验场地,ChIP外包代作服务价格优惠,实验数据已协助发表上千位客户发表高分论文
最后一步是逆转交联,从蛋白质中释放DNA片段,然后纯化释放的DNA片段。通过实时荧光定量PCR(ChIP-qPCR)检测纯化出的DNA的质量,确定基因组感兴趣区域的富集程度。 经过上面的实验后,就到了测序和数据分析的部分。首先建一个DNA片段的测序文库,再通过测序平台进行高通量测序。测序后,将原始的ChIP-Seq数据转换为序列数据...
验证:通过qPCR对ChIP结果进行验证。 高通量测序:准备好ChIP后的DNA样品用于ChIP-seq建库,质检及测序。 图3 染色质免疫沉淀ChIP-seq/qPCR实验流程。 图4 带标签的染色质免疫共沉淀流程图。 04 ChIP-seq的应用 上面对ChIP-seq的一些基本概念以及实验流程进行了介绍,那么介绍完这个实验之后,这个实验除了本文开头提到的...
此外,染色质免疫沉淀(ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片段在抑制HIV-1中的重要性。进一步机制研究表明,SLFN5与PRC2复合物、G...
此外,染色质免疫沉淀 (ChIP-seq+ChIP-qPCR)检测结果表明SLFN5通过与U5-R区域的两个序列结合,显著降低HIV-1长末端重复序列(LTR)的转录活性,从而抑制RNA聚合酶II(RNA PoL II)向转录起始位点募集。诱变研究验证了核定位序列和N-末端1-570氨基酸片...
通过这个例子我们可以看到,如果想要筛选一个转录因子结合的启动子是什么,可以用ChIP-seq的方法,筛选出来之后验证某个具体的启动子是否是该转录因子的靶启动子,用到的方法是ChIP-qPCR(本文献中写的是ChIP-PCR)的方法哦! 5.3 ChIP-seq研究核小体定位图谱 核小体定位影响转录因子(TFs)的结合位点和基因表达。对植物、...