ChIP-Seq:用于构建目的蛋白的DNA互作组数据,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作组差异。 ChIP-qPCR:用于验证目的蛋白和候选DNA的相互作用关系,或用于不同遗传背景/实验条件下的互作变化。 ChIP-Seq检测和ChIP-qPCR验证技术价值: (1)蛋白与DNA相互作用数据,是探究转录调控机制研究的重要内容,体现机制研究的深度,能...
Q:ChIP-Seq和ChIP-qPCR有何异同? 染色质免疫共沉淀(ChIP)所获得的DNA产物,在ChIP-Seq中通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白(转录因子、修饰组蛋白)的DNA结合位点片段信息;ChIP-qPCR需要预设待测的目的序列,针对目的序列设计引物,以验证该序列是否同实验蛋白结合互作。 Q:ChIP实验需要准备多少样品?
ChIP-qPCR可以对目的片段进行定量分析,通过对目的序列的扩增,并与Input、阳性对照和阴性对照的量对比,就可以证明目的蛋白是否与预想的DNA序列发生了相互作用。ChIP-Seq是将回收纯化的DNA进行建库测序,用于发现目的蛋白潜在结合的DNA序列。 目前ChIP技术已广泛应用于组蛋白修饰、转录因子作用位点和DNA甲基化等研究中。相比...
ChIP-Seq互作组验证，即在互作组分析筛选的基础上，进一步利用ChIP-qPCR技术对感兴趣分子进行靶向检测，更加精细，也是互作组验证的必由之路。成功验证上岸的基础是理想的互作组数据库和丰富的分析经验，方能事半功倍。广州基云生物，在IP互作组检测和关键机制分子筛选验证领域，具有丰富的经验，助力互作机制研究。如有...
ChIP(chromatin immunoprecipitation assay, 染色质免疫共沉淀)是研究体内DNA与蛋白结合的重要技术,主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq两种;其中ChIP-qPCR用来验证与目标蛋白结合的已知DNA片段,ChIP-seq用来筛选与目标蛋白结合的未知DNA片段。 先用甲醛交联细胞内“蛋白-DNA”复合物,并用超声波破碎DNA至适合的长度。细胞裂解后,...
一旦完成了 DNA 纯化,便可进行多种下游分析,包括ChIP-qPCR、ChIP-芯片和ChIP-seq。 三、ChIP实验重点实验细节 1、交联 内源状态下,蛋白和DNA的结合多数是动态的,交联能实现捕获特定时间内蛋白和DNA结合的情况。交联剂的选择和使用方法很重要! ①甲醛:甲醛是最常用的交联剂,是零长度交联剂,是两种直接相互作用的...
Q:ChIP-Seq和ChIP-qPCR有何异同? A:染色质免疫共沉淀(ChIP)所获得的DNA产物,在ChIP-Seq中通过高通量测序的方法,在全基因组范围内寻找目的蛋白(转录因子、修饰组蛋白)的DNA结合位点片段信息;ChIP-qPCR需要预设待测的目的序列,针对目的序列设计引物,以验证该序列是否同实验蛋白结合互作。
ChIP-qPCR和普通逆转录-qPCR的引物设计有很大不同。 普通逆转录qPCR引物设计里一个很重要的原则是引物序列要跨内含子,目的就是把cDNA模板和genomic DNA模板区分开来,避免引物结合到残留的genomic DNA模板上,导致假阳性非特异性扩增信号。 而在ChIP-qPCR的引物设计中,则不需要这样,如果这样做,对有些组蛋白修饰的位点...
纯化得到的DNA通过ChIP-qPCR定量测定其水平，也可以通过ChIP-seq进行分析。五、ChIP实验注意事项 ChIP实验操作看相对简单，但是实验耗时长，通常需要至少一周的时间完成一次实验，过程繁琐，每一步都很考验实验操作技术，所以看似简单的实验其实需要注意的事项很多。工欲善其事，必先利其器，下面我们一起来看下具体有哪些...