首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...
首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...
首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...
首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...
确定了增强子区间信息之后,接下来就是比较增强子区域内某种 mark 因子的 chip_seq reads 的分布情况,-r 参数指定 chip_seq 中 IP 样本的 bam 文件,-c 指定 Input 样本的 bam 文件。 -s 指定合并增强子的距离,默认为 12.5kb, 小于该距离的两个增 强子会合并为一个区间,-t 指定距离 TSS 的距离,如果一个 ...
-r 指定chip_seq中IP样本的bam文件 -c 指定Input样本的bam文件(没有则留空)。 -s 指定合并增强子的距离,默认为12.5kb, 小于该距离的两个增强子会合并为一个区间。 -t 指定距离TSS的距离,如果一个peak与某个转录起始位点的距离小于指定的距离,则有可能是一个启动子,这种潜在的启动子会被过滤掉(通常设置2.5kb...
DEG chip spot identifiers were combined with their respective DNA sequences. BLAST analysis of the DEG sequences against the peak regions was conducted as previously explained. Potential CGs were defined as genes in rose genome peaks that could be blasted against DEGs in at least two different ...
Perangkat, Arsitektur Chip, dan Sistem yang Didukung Model yang Diuji Menyebarkan Model Mengatur Neo di Perangkat Edge Prasyarat Kompilasi Model Mengatur Perangkat Anda Buat Inferensi di Perangkat Anda Memecahkan Masalah Kesalahan Memecahkan Masalah Kesalahan Kompilasi Neo Memecahkan Masalah Kesalahan...
首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...
首先通过Oct4, Sox2, Nanog这3种转录因子的chip数据去识别小鼠胚胎干细胞中的增强子区域,鉴定到了8794个增强子区域。对于这些增强子,根据区域内对应的Med1这种转录激活通用辅助因子的chip_seq reads的密度进行排序,发现呈现两极分化趋势,示意如下 其中绝大部分的增强子对应的Med1的水平都很低,少部分增强子对应的Med1的...