一般chip-seq得到的数据有两组,一个是敲除目标的测序文件,另一个是control测序文件。 3.用fastqc看数据质量 去除接头后,需要查看测序质量,数据好才能进行下一步比对。 fastqc -o outdir -t 6 out.R1.fg.gz out.R2.fg.gz -o 输出路径 -t 线程数量 运行结束后生成两个文件一个.html网页文件,一个是.zip...
进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
通过对ChIP-seq数据分析图的深入理解,研究人员可以更好地揭示基因调控机制,为后续的生物学研究提供有力支持。
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479618_1.fastq -2 SRR5479618_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/TE_rep2.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479623_1.fastq -2 SRR54...
转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-下-数据使用说明, 视频播放量 5446、弹幕量 6、点赞数 78、投硬币枚数 32、收藏人数 310、转发人数 24, 视频作者 纪伟讲测序, 作者简介 ,相关视频:转录因子找靶标-ChIPseq结合过表达敲低RNAseq-上-分析思路,想通过单细胞数据
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因...
有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来,后续持续更新。 chip-seq数据分析大体流程,引自微信公众号《生信技能树》 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控:fastp; 测序数据比对:bowtie2; 比对数据排序等:samtools; callPeaks:MACS3; 差异peaks寻找及作图:DiffBind;deeptools; ...
ChIP-Seq数据分析目标是识别富集了蛋白质或特定组蛋白修饰的基因组区域，称为峰（peaks），并分析其功能意义。该技术能够揭示转录因子结合位点、组蛋白修饰及其他DNA结合蛋白信息，提供基因调控和细胞过程的深入洞察。ChIP-Seq数据分析包括几个关键步骤：准确识别蛋白质结合的峰，并对这些峰进行功能分析，以...
-x参数指定参考基因组索引文件的前缀，-1参数指定双端测序结果的第一个文件，-2参数指定双端测序结果的第二个文件。5. 使用samtools将sam转换成bam：使用samtools命令将sam文件转换为bam文件，其中view命令将sam文件转换为bam文件。通过以上步骤，可以完成ChIp-seq数据分析的基本流程。
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...