答案是:此图是测序reads的可视化,利用reads和参考基因组比对之后的结果,用来展示目标基因上的转录因子结合/组蛋白修饰/染色质开放性的。" 鉴定转录因子在基因组上结合常用的技术手段是ChIP-seq/DAP-seq,检测组蛋白修饰的全基因组分布用ChIP-seq/CUT&Tag,而对染色质可及性的检测则用ATAC-seq。ChIP-seq/DAP-seq/...
57 使用DESeq2进行转录组测序差异表达基因分析,方便挖掘GEO数据库 05:53 微生信-带填充的垂直堆叠柱状图绘制教程 03:35 微生信平台ClusterProfiler GSEA基因集富集分析 11:59 微生信云平台圆形相关系数图绘制 05:12 微生信平台基因表达热图+趋势box组合图绘制步骤 06:52 微生信平台成面积比例文恩图绘制教程 07:41...
从图中也可以看出来这个数据库存放了chip-seq在内等很多测序数据 我们点击Data下的ChIP-seq matrix 在新的页面你会看到有很多chip-seq的数据, 有人的也有小鼠的, 实验用到的细胞也有很多来源, 我么直接在搜索框搜HEK293搜到我们需要的关于HEK293细胞系(cell line)的实验数据,并选择研究小鼠转录因子的(Mus muscul...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
Y叔开发的ChIPseeker包,主要是为了能对ChIP-seq数据进行注释与可视化,主要对peak位置及peak邻近基因的注释。然而,在之后对ChIPseeker的应用中,发现它不局限于ChIP-seq,可用于其他的peak(如ATAC-seq,DNase-seq等富集得到的)注释,甚至还可用于long intergenic non-coding RNAs (lincRNAs)的注释。该包功能强大之处还是在...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
source activate chipseq bamCoverage -e 170 -bs 10 -b ap2_chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse进行可视化。 这里的参数仅使用了-e/--extendReads和-bs/--binSize即拓展了原来的read长度,且...
数据导入:FineBI支持多种数据导入方式,包括文件导入、数据库连接等,方便研究人员导入Chip-seq数据进行分析。 数据处理:FineBI提供了丰富的数据处理功能,包括数据清洗、数据转换、数据归一化等,帮助研究人员高效地处理数据。 数据可视化:FineBI提供了丰富的数据可视化功能,包括多种类型的图表和报表,帮助研究人员直观地展示...
ChIP-seq 分析:Mapped 数据可视化(4) 1. Mapped reads 现在我们有了 BAM 文件的索引,我们可以使用 idxstatsBam() 函数检索和绘制映射读取的数量。 代码语言:text 复制 mappedReads <- idxstatsBam("SR_Myc_Mel_rep1.bam") TotalMapped <- sum(mappedReads[, "mapped"])...