ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区并...
一般做完一个CHIP-seq测序,如果实验设计没有问题,测序质量也OK的话,很容易了根据序列call到符合要求的peaks,或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件, 一般是BED格式文件,这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了,此时不得不强烈推荐一款网页版工具,是台湾学者开发的ChIPseek: 该...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag通常用于研究特定蛋白在基因组特定位置的结合情况，而ATAC-seq则关注染色质可及性。原理是，结合蛋白或染色质开放区域的DNA片段在测序时会比非结合片段的reads富集，形成“peak”。IGV工具概述 在掌握了基础知识后，让我们聚焦于如何使用IGV工具绘制这些图表。IGV是一款用户友好、...
这里的提示已经提供操作步骤了 第一：选择顶部菜单【查看】 第二：选择【可视化助理】 第三：把不可见的元素前全打上勾即可。
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...
⽤⽹页版⼯具ChIPseek来可视化CHIP-seq的peaks结果 ⼀般做完⼀个CHIP-seq测序，如果实验设计没有问题，测序质量也OK的话，很容易了根据序列call到 符合要求的peaks，或者可以去很多⽂章或者roadmap⾥⾯下载到⾮常多有意义的peaks⽂件，⼀般是 BED格式⽂件，这是就需要对这些peaks进⾏各种各样...
一般做完一个CHIP-seq测序,如果实验设计没有问题,测序质量也OK的话,很容易了根据序列call到符合要求的peaks,或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件, 一般是BED格式文件,这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了,此时不得不强烈推荐一款网页版工具,是台湾学者开发的ChIPseek: ...
ChIP-seq/DAP-seq/CUT&Tag的原理都可以归纳为目标蛋白在基因组某个位点结合后,含有该位点的DNA片段将会被选择性富集;测序之后,来自于此DNA片段的reads较其他非蛋白结合的DNA片段reads多,在数据可视化上呈现一个堆集起来的山峰(在计算机概念上叫“peak”)。ATAC-seq的原理则是利用Tn5转座酶特异性识别染色质开放区...