进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479616_1.fastq -2 SRR5479616_2.fastq -S /data/chen/Data/GSE98149/chip-seq/h3k9me3/alignment/ICM_rep2.sam & bowtie2 -p 6 -q -x /data/chen/Data/reference/index/mm10/mm10 -1 SRR5479617_1.fastq -2 SRR5...
以一套已经发表的拟南芥C2H2转录结合因子的ChIP-Seq数据练习: 数据来源:https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-60011/samples/ 将这套数据下载到本地后,再通过FileZilla传到服务器中相应的文件夹: 连接到服务器,开始对数据进行处理: 首先,下载需要使用的工具:FastQC 地址:http://www.bioinformatics...
诺禾致源ChIP-seq测序项目,对IP下来的合格DNA样本进行建库测序获得高质量的reads,通过motif分析判断IP实验的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,并对其进行功能富集分析,预测特异蛋白的功能 、组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。 关联分析 通过ChIP-seq数据与基因表达进行关联分析,可以进一步研究组蛋白修饰/转...
主要是看ChiP是否合格,想要的地方是否富集到了,区别于开头的测序数据质控。 plotCoverage 查看测序深度相关性 mkdir qc plotCoverage -b rmdup/*bam \ --plotFile qc \ -n 10000000 \ --plotTitle "example_coverage" \ --outRawCounts coverage.tab \ --ignoreDuplicates \ --minMappingQuality 10 ...
ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段,其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀(ChIP)样本制备和深度测序(Deep Sequencing)两个部分。 1)ChIP实验基本步骤 ①甲醛交联整个细胞系(组织),即将目标蛋白与染色质连结起来; ...
multiqc ~/ChIP_seq/raw/ 最终的结果表明这6个数据的质量都很好,所以原文并没有进行额外的过滤操作。需要注意的是,在该文献中ein2-5_air_MPGB_1和ein2-5_ethylene_MPGB_1两个阴性对照呈现出reads重复率高的特征 3. 比对 3.1 参考基因组建立索引 ...
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基...
下游Chip-seq数据分析 1.Y叔的R包学习——注释 参考y叔的ChIP-seq数据分析大礼包 示例: library(ChIPseeker) library(ggplot2) library(dplyr) library(org.Hs.eg.db) require(ChIPseeker) f 4]]#.bed文件,这里用包里的测试数据 require(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) ...
CHIP-seq研究的数据挖掘思路主要分为3步: 整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因...