所以单纯的用deseq2等差异表达工具很难实现ChIP-seq的差异结合分析,现在Bioconductor上已经推出了几个对差异结合分析的工具,其中就包括DiffBind。 安装: DiffBind 需要不低于3.5 版本的R if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DiffBind", ...
由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围。随着测序成本的降低,ChIP- seq已成为研究基因调控和表观遗传机制不可或缺的工具。 原理 甲醛处理细胞使目标蛋白与DNA交联,通过超声波将交联后的染色质打断成小片段,一般在200-600bp范围内。再利用抗原...
Chip差异Peak分析结果及报告 1. 概述 1.1. 背景及分析流程简介 为了理解细胞中更为复杂的生物过程,许多研究已在通过比较ChIP-seq的差异获得的不同数据。越来越多的ChIP-seq实验正在研究多种实验条件(例如各种治疗条件,几个不同的时间点和不同的治疗剂量水平)下的转录因子结合,组蛋白修饰的差异。差异富集在...
3.差异表观水平与表达水平的关联,对于表观水平发生变化的区域(差异峰),展示其对应的基因的表达水平情况 4.差异表达水平与差异表观水平的关联,差异表达基因与差异峰相关基因之间的交集情况,并对各种交集的基因做GO和KEGG富集分析 诺...
易基因项目文章ChIP-seq揭...运用组蛋白特定修饰的特异性抗体或dna结合蛋白或转录因子特异性抗体富集与其结合的dna片段并进行纯化和文库构建然后进行高通量测序通过将获得的数据与参考基因组精确比对研究人员可获得全基因组范围内某种修饰类型的特定组蛋白或转录因子与基因组dna序列之间的关系也可对多个样品进行差异比较 ...
ChIP-seq与RNA-seq关联分析 1.整体上的关联,展示表达水平和表观水平、不同表达水平的基因上下游的表观信号分布以及表观信号的变化程度与表达水平变化之间的关联 2.差异表达与表观水平的关联,展示表达水平发生变化的那些基因所对应的表观水平的情况 3.差异表观水平与表达水平的关联,对于表观水平发生变化的区域(差异...
(2)差异peak基因-DEG对应关联:筛选关键目的基因: peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。九象限图法 4、CHIP-seq数据挖掘思路 ...
peak关联基因与差异表达基因的重叠分析。 peak关联基因可以是peak注释到启动子区,TSS±10kb区的基因,也可以来自已 知公共数据库的注释,如Human Enhancer Disease Database (HEDD)。 九象限图法 关于易基因染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 在常规思路中,RNA-seq通常优先于ATAC-seq进行实验,获得差异表达基因后,后续可进一步运用ATAC-seq的motif分析,对启动子区域的染色体开放性染色质开放性发生变化的差异基因进行深入探究,并识别出特定的转录因子结合情况,基于这些分析结果,再进行后续的验证实验。
帮助研究者了解PpDAM6在不同需冷量品种中的表观遗传调控机制。通过ChIP-seq分析,研究者发现PpDAM6基因位点的H3K27me3修饰在不同需冷量品种中没有显著差异。这表明PpDAM6的表达调控可能不依赖于H3K27me3修饰,而是与启动子区域的30-bp缺失直接相关。 ChIP-seq技术还用于分析其他与需冷量相关的基因(如PpNCED1和...