1. 寻找差异区域 然而,识别特定于细胞系或条件的峰并不能捕获表观遗传事件的全部变化。 为了识别表观遗传事件的差异,我们可以尝试量化 IP 样本中非冗余峰组中片段丰度的变化。 我们首先必须建立一组区域,在这些区域中量化 IP ed 片段。 一种成熟的技术是产生一组非冗余峰,这些峰出现在至少一个被评估的实验条件...
但文献中只是单单给出一个不同样本ChIP-seq peak数据之间的computeMatrix热图,并没有说明具体的差异以及对差异进行分析。H3K27ac是基因活性的标志,因此它的相关ChIP-seq数据能够帮助识别在DIPG和GBM中活跃的增强子,这些增强子可能参与了肿瘤特定的转录调控。通过分析H3K27ac修饰与基因启动子区域的相互作用,可以预测出DIP...
R0 h和R48 h之间的peak差异分析表明存在三个受感染调控的peak相关基因。本研究更好地了解SmTCP7a对青...
整体把握CHIP-seq图谱特征:peak/reads在基因组上的分布、peak在元件上的富集、peak在基因元件上的分布、peak的motif分析、peak距离TSS位点的距离分析、peak修饰基因的功能分析筛选具体差异peak和基因:差异 peak鉴定、非时序数据的分析策略、时序数据的分析策略、差异peak关联基因的功能分析、差异peak关联基因的PPI分析、感...
ChIP-seq 分析:Peak 注释与可视化(9) 1. 基因注释 到目前为止,我们一直在处理对应于转录因子结合的 ChIPseq 峰。顾名思义,转录因子可以影响其靶基因的表达。 转录因子的目标很难单独从 ChIPseq 数据中确定,因此我们通常会通过一组简单的规则来注释基因的峰:...
2、差异peak分析 (1)非时间序列数据: (2)时间序列数据: (3)差异peak关联基因的PPI分析 感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 (1)Meta genes整体关联 距离TSS位点不同距离的peak注释到的基因的表达水平分析 不同表达水平的基因,peak的数量分布对比 ...
(3)差异peak关联基因的PPI分析 感兴趣基因的差异peak展示 3、组学关联分析:CHIP-seq&转录组学 (1)Meta genes整体关联 距离TSS位点不同距离的peak注释到的基因的表达水平分析 不同表达水平的基因,peak的数量分布对比 转录水平倍数变化 vs. peak倍数变化
不依赖 Peak caller 的差异分析工具: MACS2的 bdgdiff 函数、ChIPDiff、ChIPnorm、chromstaR、csaw、diffReps、EpiCenter ... Tools 考虑的几种因素: 1、实验组与对照组差异分析情况:完全下降或者上升、上升下降一半一半 这一段有点意思。 2、信噪比,也就是我们说的 FRiP 值 ...
Genrich 是一个用于从高通量测序数据中识别基因组区域的显著富集(即peak calling)的生物信息学工具。它主要用于处理ChIP-seq(染色质免疫沉淀测序)、ATAC-seq(转座酶可及性测序)和DNAse-seq(DNase I敏感位点测序)等实验的数据。这些技术广泛用于研究蛋白质与DNA的相互作用以及染色质的开放性。 主要特点和功能: 处理...
将前面分析得到的Peak注释基因,还可以进行后续富集分析包括GO分析、KEGG分析等,落脚到基因的功能上来,那么在文章里你就会看到这样的图: 还有一种结果图,我们在做ChIP-seq的文章里也经常看到,就是转录因子结合序列的logo图: 与转录因子结合的...