一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为用...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...
1、ChIP-seq可以研究组蛋白的修饰情况,以剖析表观遗传特征和生物学功能; 2、 ChIP-seq可用来研究转录因子结合位点,解析该转录因子作用的通路信息; 3、ChIP-seq技术可得到核小体的定位图谱,核小体定位在转录调控,DNA复制和修复等多种细胞过程中并起着重要作用; 4、ChIP-seq技术可研究DNA的甲基化情况,DNA甲基化会...
01：整体把握CHIP-seq图谱特征 peak/reads在基因组上的分布 peak在元件上的富集 peak在基因元件上的分布...
Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本，以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对...
(2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断 重复序列会似乎出现被富集的现象 序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件:
是CHIP-seq的主流方案 ②自然染色质免疫沉淀方案 (native/N-ChIP) 采用微球菌核酸酶(MNase)裂解染色质以获取DNA片段(一般会得到147bp左右的片段) 自然结合,松散,容易失去联系(一般用于组蛋白修饰) 不存在表位掩蔽 是X-CHIP表位掩蔽严重时的备选方案 (2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ...
对照组Foxo1FL/FL和敲除组Foxo1M-KO小鼠经过24周HFD喂养后,从小鼠中分离出肝脏巨噬细胞,并进行深度RNA测序(RNA-seq)分析。分析结果表明,与Foxo1FL/FL对照组相比,Foxo1M-KO组HFD巨噬细胞中912个基因表达发生显著变化(415个上调和497个下调)(图3a)。GO分析显示Foxo1M-KO中与炎症反应、先天免疫反应、细胞脂质代谢...
由于更高的分辨率,ChIP-seq的覆盖率和特异性相比ChIP-chip有了明显的提高(Luo and Lam, 2014)。因此,ChIP-seq已成为一种分析真核生物基因组中染色质修饰和转录因子(TF)结合位点的流行方法。 02 模式植物的ChIP实验流程 模式植物(水稻和拟南芥)的ChIP检测方案由Zhu等开发(Zhu et al., 2012)。首先,用甲醛处理...