Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本，以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对...
Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本,以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。 提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为用...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为...
提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必要拿去测序。 注意: IgG管,Anti-target管统称为IP管,都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程(IgG管使用normal IgG结合,Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合,后续均使用Protein A/G磁珠捕获,并洗脱目的DNA)。
是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在全基因组...
包括交联、细胞裂解（蛋白质-DNA提取）、核酸剪切、抗体免疫沉淀、DNA样本回收，将蛋白-DNA复合物分离出来进一步研究特定的结合蛋白或与其结合的DNA，同时结合qPCR（ChIP-qPCR）可用于检测已知蛋白与特定结合位点的DNA是否结合以及结合的强度，结合二代测序（ChIP-seq）可用于分析目标蛋白在全基因组内的结合情况，用于下游...
根据原文,ChIP-Seq的流程如下: 先用Bowtie(0.12.7)把RYBP, Cbx7, Ring1B, Suz12,和H2AK11Ub的ChIP-Seq产生短读(reads) 比对到小鼠的参考基因组上(NCBIM37),参数允许seed联配时有2个错配。 使用MACS(1.4.1)寻找可能的结合位点,也就是基因组中大量短读片段富集的区域。MACS比较这些区域在对照组和实验组...
如果用PCR来做的话,也同样可能在我们想看的位置看到条带,因为它有基因组上的所有位置。但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。
(2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断 重复序列会似乎出现被富集的现象 序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件: