Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本,以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。 提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为用...
Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本，以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对...
Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本,以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。 提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必...
ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断 重复序列会似乎出现被富集的现象 序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件: Input对照:【少了加抗体的步骤】 mock IP...
一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录…
是CHIP-seq的主流方案 ②自然染色质免疫沉淀方案 (native/N-ChIP) 采用微球菌核酸酶(MNase)裂解染色质以获取DNA片段(一般会得到147bp左右的片段) 自然结合,松散,容易失去联系(一般用于组蛋白修饰) 不存在表位掩蔽 是X-CHIP表位掩蔽严重时的备选方案 (2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ...
(2)CHIP-seq实验设计——偏差来源与对照样本的设置 ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断 重复序列会似乎出现被富集的现象 序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件:
ChIP-Seq富集序列存在以下特点: 开放染色质区域比紧密区域更易打断重复序列会似乎出现被富集的现象序列在整个基因组上不均匀分布 因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件: Input对照: 【少了加抗体的步骤】mock IP对照:【步骤一样但没有用抗体】IgG mock IP对照:【步骤一样但换了抗体...
图3:巨噬细胞中Foxo1敲除在响应高脂饮食(HFD)时促进了Notch1和Hippo信号通路。Foxo1FL/FL和Foxo1M-KO小鼠经过24周HFD喂养后,从它们的肝脏巨噬细胞中提取了总RNA,随后进行RNA-seq。 Foxo1M-KO小鼠与Foxo1FL/FL对照组相比,在HFD肝脏巨噬细胞中的基因表达的log2倍数变化。HFD肝脏巨噬细胞中的差异表达基因(DEGs)(...