因此，ChIP-Seq需要有合适的对照组，对照样本需要满足以下其中一个条件：1. Input对照： 【少了加抗体...
因此,ChIP-Seq需要有合适的对照组,对照样本需要满足以下其中一个条件: Input对照: 【少了加抗体的步骤】 mock IP对照:【步骤一样但没有用抗体】 IgG mock IP对照:【步骤一样但换了抗体】 图7:ChIP-seq实验设计 (3)CHIP-seq的主要限制 时间约3天 由于低效的IP步骤,需要数以百万计的细胞起始 在低丰度细胞类...
所以会准备空白对照,排除假阳性,对照组有有两种: input DNA:不用任何抗体捕获的DNA; mock IP DNA:用不含有抗体的DNA 利用对照组去除实验组中的背景噪音,就会让我们检测到的峰更明显。 3、将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组...
然而需要注意的是对ChIP-seq数据进行call peaks分析需要具体问题具体分析,这是由于不同的蛋白以及表观遗传学修饰在基因上分布的pattern是非常不一样的,有H3K4me3那样非常sharp的peaks,也有H3K27me3那样非常broad的peaks。因此针对不同的ChIP-seq应该用不同的工具。一般针对于peaks比较sharp的ChIP-seq 数据用MACS14,而...
因此需要设置好对照，包括未转染细胞的mock IP对照；以及将标签从N端转换到C端作为对照。
2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ...
简单地说,这是一款寻找两个ChIP-Seq样本之间差异peak的软件。一般ChIP的流程中,若是单一处理的细胞系,那么callpeak之后可能会做binding motif的分析或是peak相关gene的功能分析等;但若是两种处理的细胞系(比如饥饿组和对照组),我们肯定想要知道两种处理下,组蛋白修饰的差异,类似于RNA-Seq中差异表达基因的分析,所以这...
[EMSA/Ch ] 有谁用过F-seq吗? (0/350) 847505861 2016-03-31 2016-03-31 10:04:26 by 847505861 [EMSA/Ch ] 纯化蛋白的问题 10 (2/1122) 321wangke321 2016-03-22 2016-03-23 12:25:45 by star013 [EMSA/Ch ] 如何找到独立microRNA的启动子 预测方法及检测方法 50 (0/2483) aspirin1224...
峰的数目实际上和你的上游实验好坏紧密相关。Peak数目很难给出固定的数字,在去除input背景信号后,越多当然越好。但是,我们更关注实验组的峰型、信号强弱要与你的实验对照组有明显不同才好。 ChIP-seq的结果和抗体是紧密相关的。大家可以试试Abcam、Cell Signaling家的抗体,我的经验是这两家的组蛋白修饰抗体还不错...
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