因此，ChIP-Seq需要有合适的对照组，对照样本需要满足以下其中一个条件：1. Input对照： 【少了加抗体...
所以会准备空白对照,排除假阳性,对照组有有两种: input DNA:不用任何抗体捕获的DNA; mock IP DNA:用不含有抗体的DNA 利用对照组去除实验组中的背景噪音,就会让我们检测到的峰更明显。 3、将覆盖到参考基因组的DNA片段堆叠用柱状图画出来,就会看到峰。 这里需要知道,ChIPseq是可以检测转录因子的结合,也可以检测组...
目前,做ChIP-seq,其阴性对照组不会做后续高通量测序,一般Qbit检测不到DNA浓度即判断为阴性对照结果良好。 Q7抗体如何选择? 一定要选择ChIP-seq级别抗体!抗体研发成功后会进行WB、IP、IHC、ChIP-qPCR、ChIP-seq等实验,并且标注在产品上。 Q8没有ChIP-Seq级别的抗体,可以用WB级别的么? 不建议使用WB级别抗体做ChIP...
然而需要注意的是对ChIP-seq数据进行call peaks分析需要具体问题具体分析,这是由于不同的蛋白以及表观遗传学修饰在基因上分布的pattern是非常不一样的,有H3K4me3那样非常sharp的peaks,也有H3K27me3那样非常broad的peaks。因此针对不同的ChIP-seq应该用不同的工具。一般针对于peaks比较sharp的ChIP-seq 数据用MACS14,而...
2 ChIP-Seq数据分析 2.1 数据下载 2.2 质量控制(data_assess) 2.3 比对到参考基因组(mapping_analysis) 2.4 搜峰(Peak_calling) MACS2 2.4.1 MACS2 核心: callpeak 用法 2.4.2 callpeak 结果文件说明 2.4.3 bdg file → wig file 2.5 峰注释(Peak_anno) ...
峰的数目实际上和你的上游实验好坏紧密相关。Peak数目很难给出固定的数字,在去除input背景信号后,越多当然越好。但是,我们更关注实验组的峰型、信号强弱要与你的实验对照组有明显不同才好。 ChIP-seq的结果和抗体是紧密相关的。大家可以试试Abcam、Cell Signaling家的抗体,我的经验是这两家的组蛋白修饰抗体还不错...
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作者并没有给peaks文件,要想利用这个数据,只能自己重新处理,这就是为什么需要学会ChIP-seq数据处理的原因。不过作者给了bw文件,所以可以勉强跟自己的结果相互验证。 这里作者使用的是 Illumina Genome Analyzer II 测序仪,有点过时了,测序策略是 se50。
大家也越来越倾向于Q－PCR了。随着二代测序技术的不断发展，对未知的DNA序列可进行chip-seq分析。
3. 300 ul 中，100 ul 加抗体做为实验组；100 ul 不加抗体做为对照组；100 ul 加入 4 ul 5 M...