names(mainChrSeq) <- mainChromosomes mainChrSeqSet <- DNAStringSet(mainChrSeq) mainChrSeqSet mainChrSeqSet 现在我们有了一个 DNAStringSet 对象,我们可以使用 writeXStringSet 来创建我们的 FASTA 序列文件来比对。 代码语言:text 复制 writeXStringSet(mainChrSeqSet, "BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.main...
1.2 使用fastp对rawdata进行质控、过滤及统计 代码如下(chipseq数据不建议进行reads长度筛选,即不需要-l参数): usage:fastp-i<in1>-o<out1>[-I<in1>-O<out2>][options...]#1 PE测序fastp-i sample.R1.fastq.gz-o sample.R1.clean.fq.gz \-Isample.R2.fastq.gz-Osample.R2.clean.fq.gz \-5-...
处理这种多重比对,比较保守的办法就是指保留唯一比对的reads;如果要考虑这部分多重比对的reads,有时会将所有的多重比对reads(这样会导致比对结果的条目超过reads数)或者随机选择一条reads作为结果。 ChIP-seq的DNA片段一般在200bp左右,如果有许多reads唯一比对到了较短的重复区域,那么这个结合位点依然能够被捕获到。如...
首先视频免费共享在B站:【生信技能树】Chip-seq测序数据分析ChIP-SEQ实战演练的素材:链接:https://share.weiyun.com/53CwQ8B 密码:ju3rrh, 包括一些公司PPT,综述以及文献 ChIP-SEQ 实战演练的思维导图:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 接下来是根据生信技能树课程、思维导图、PPT和综述...
因此相比于input,ChIP样本中唯一比对reads的起始位点所占比例应该更低;另外相比于组蛋白标记,转录因子相关的比例也会更低,因为转录因子特异性结合区域更集中。一般ChIP-seq样本能得到80%以上的唯一比对起始位点(而RNA-seq只有15%左右) 2.1 统计比对的fq中有多少reads...
一般来说,初步比对的sam文件只能选取unique mapping的结果,所以我用了#samtools view -bhS -q 30,但是结果并没什么改变,有人说是peak caller这些工具本身就会做这件事,所以取决于你下游分析所选择的工具。 给大家看比对的日志吧: SRR1042593.fastq 16902907 reads; of these: ...
自学CHIP-seq分析第五讲~测序数据比对 比对本质是是很简单的了,各种mapping工具层出不穷,我们一般常用的就是BWA和bowtie了,我这里就挑选bowtie2吧,反正别人已经做好了各种工具效果差异的比较,我们直接用就好了,代码如下: ## step5 : alignment to hg19/ using bowtie2 to do alignment...
11.GWAS(全基因组关联分析) 10.GO功能分析 9.chip-seq2(查看peak、motif、peak注释) 8.chip-seq1(简介、质控和比对) 7.数据库准备和质控 6.外显子测序分析简介 5.数据库准备和质控 4.生存分析 3.甲基化芯片数据分析 2.环状RNA测序2_比对与环状RNA鉴定 1.环状RNA测序1_环状RNA简介 Copyri...
ChIP-seq比对率低的原因可以有很多,主要包括样品质量不佳、特异性不好的引物序列、测序技术相关问题、高嘌呤的尖峰被误定义为低嘌呤、PCR扩增效果差、特定核苷酸序列对组蛋白识别能力降低等。其中样品质量不佳是一个最大的问题,可以通过精准控制前期的实验操作来解决,例如将核质样品提取时注意培养基成分和温度一致,消化...
因此相比于input,ChIP样本中唯一比对reads的起始位点所占比例应该更低;另外相比于组蛋白标记,转录因子相关的比例也会更低,因为转录因子特异性结合区域更集中。一般ChIP-seq样本能得到80%以上的唯一比对起始位点(而RNA-seq只有15%左右) 2.1 统计比对的fq中有多少reads...