Input管是按照一定比例分出的原始样本（在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物，未进行抗体结合），一般采用1%的比例，在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本，以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。提示：在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管，因为阴性对...
提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必要拿去测序。 注意: IgG管,Anti-target管统称为IP管,都需要进行免疫沉淀富集目的DNA片段的完整流程(IgG管使用normal IgG结合,Anti-target管使用目的蛋白的一抗结合,后续均使用Protein A/G磁珠捕获,并洗脱目的DNA)。
Input管是按照一定比例分出的原始样本(在ChIP中是指断裂后的原始基因组DNA片段混合物,未进行抗体结合),一般采用1%的比例,在下游荧光定量PCR数据分析时需要把这个1%的比例换算为100%整体样本,以便作为目的DNA片段全部的量用于计算沉淀富集的目的DNA片段的占比。 提示:在ChIP-seq实验中可以不设置IgG管,因为阴性对照没必...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为用...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为...
但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除因本底表达水平高或一些非特异性结合所造成的假阳性peaks。 而所谓的lgG mock 是说找非特异抗体作为阴性对照,其理论上不会ChIP下来任何DNA片段。但是近来也有很多文章认为...
与WT对照相比，OdisA菌株中约99% peaks表现出在DasR靶标启动子处ChIP-seq peaks高度增强，证实OdisA菌株...
是有的,因为它就是整个基因组上被打断的未经特异性选择过的随机(理论上)片段。如果用PCR来做的话,也同样可能在我们想看的位置看到条带,因为它有基因组上的所有位置。但是,在ChIP-seq中,input阳性位点的相对表达量应该比我们的实验组中低得多得多,毕竟实验组的那些位点是我们特意富集出来的结果。通过Input对照排除...
1、实验组与对照组差异分析情况:完全下降或者上升、上升下降一半一半 这一段有点意思。 2、信噪比,也就是我们说的 FRiP 值 这里有点出乎我的意外,对于组蛋白修饰宽峰,FRiP 并不是越高越好。。。 3、染色体特征 一般我们不考虑 4、差异分析工具性能:运行时间和所需内存 ...