进入新的页面之后我们点击File details会看到Raw sequencing data, 一共有两个重复数据, 因为 chip-seq大多是单端测序, 我们只要选择一个进行分析, 首先是把数据下载下来, 直接下载可能比较慢, 我已经用远端的服务器提前下载好上传到云盘了, 可以在生物楠公众号后台回复CTCF获取下载链接 分析chip-seq的数据还需要一...
在ChiP-seq的时候不用移峰，所以只使用-nomodel，当做组蛋白修饰的时候，由于peak并不典型，所以使用--...
我们可以从 Encode 网站检索原始测序数据。在这里,我们使用小鼠 MEL 细胞系、样品 ENCSR000EUA(重复 1)下载 Myc ChIPseq 的测序数据。 3. 数据处理 3.1. 处理准备 一旦我们下载了原始 FASTQ 数据,我们就可以使用 ShortRead 包来检查我们的序列数据质量。 首先我们加载 ShortRead 库。 代码语言:text 复制 library...
7.ChIP-Seq的分析流程是什么？首先对原始下机数据（Raw Data）进行过滤，将过滤后得到的高质量序列(Cle...
公司标注抗体可以做ChIP，这只说明公司用来测试时那支抗体可以做ChIP。你买的抗体，批号和公司测试的抗体...
使用两种不同的测序仪——GAIIx (Illumina®) 和 PGM™ (Ion Torrent™) 分析了两种不同的生物样本。已获得 GAPDH 启动子区域 H3K4me3 的预期 ChIP-seq 配置文件。图像 A 显示了 chr12 上的数百个 bp,尽管测序仪完全不同,但读数分布具有高度相似性。图 B 是对 GAPDH 的近距离捕获,显示即使是峰结构...
为了获得足够的以保证转录组表达变化检测的准确性,需要对多个样品组的多个生物学重复同时进行测序分析。在这些应用上,长读长技术不太可能取代短读长技术,除非它们的通量能提高2个数量级。随着全长RNA-seq reads数目增加,转录本检测的灵敏度将会达到Illumina平台的水平,但有着更高的特异性。通过将Illumina 的短读长...
[ChIP-Seq Overall] 下面这一部分将会介绍ChIP-Seq数据分析的整个流程,从实验设计到产生原始的测序reads,以及到最后的功能富集分析和motif查找。 实验设计和文库构建 文库构建包括以下5步骤: 蛋白质与DNA的交联 超声打断DNA链 加附有抗体的磁珠用于免疫沉淀 ...