前年在中科院做培训时,整理了一套ChIP-seq分析流程,截选实战部分,略作修改,分享出来,希望大家指正。那次培训内容比较杂,还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过,链接如下: UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC) ICGC数据库使用 TCGA数据库.
CHIP Atlas:通常指的是一个包含大量CHIP-seq数据的数据库或资源,这些数据用于研究蛋白质与DNA的相互作用。 MACS2:是一款广泛使用的peak calling软件,用于从CHIP-seq数据中识别蛋白质与DNA的结合位点(peaks)。 Binding Score:在MACS2的输出中,binding score通常与peak的显著性相关,它反映了蛋白质与DNA结合位点的置信...
Atlas Fallen 尘封大陆 VS Intel OC-ed:Assassin's Creed Mirage 刺客信条：幻景 F1 23 F1 ...
帅到炸裂的头盔——Ruroc Atlas 4.0 水星 喜欢: 0 回复: 194zcx427706949 装机性价比三件套推荐—华擎B760 PRO RS+金百达黑刃DDR5、KP260PLUS实测 喜欢: 0 回复: 4Rogerhuling 黑金全塔海景房——ROG Z790 HERO+4080猛禽+追风者 NV7 装机展示 喜欢: 0 回复: 83yhgg 乱洒衰荷,颗颗真珠雨 喜欢: 0 回复: ...
但是呢,里面关于文献测序数据那一块其实是过气了,因为sra-tools的prefetch下载方式并不适合中国大陆的用户,简单的参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 需要自行配置,其实就可以解决数据下载的问题啦。 数据下载仅仅是一个开始,后续的流程化分析才是大戏,也有很多粉丝follow了我们的教程完成了系列图表最后仍然是云里...
系列 Atlas 包装 散装 配套使用/相关产品 测试元件 规格 - 标准包装 1 工具类型 SCR 分析仪 制造商 Peak Electronic Design Limited 零件状态 在售 商品介绍 测试元件 SCR 分析仪 标准包装 标准包装是从制造商/代理商处获得的最小包装规格。所以最小订货量可能会小于制造商的标准包装的数量。当产品分解成较小数量...
拆解atlas资源脚本 请先安装PIL,因为这个是基于Image模块进行图片拆解的,python版本2.7.7 上传者:w88219003时间:2014-12-13 Spine 纹理打包Texture packing_官方文档中文版 Spine 纹理打包Texture packing_官方文档中文版 上传者:jx520时间:2018-10-13 anyportrait1.1.5.7 ...
Illumina workflow (左): 建库之后,单独的cDNA分子在流动槽中构建测序簇,使用3’阻断的荧光标记的核苷酸进行边合成边测序。在每一轮测序中,高速摄像机拍照捕获当前激发的荧光,来判断当前是哪个核苷酸合成进来,测序长度在 50-500 bp 。 The Pacific Biosciences workflow (中): 建库之后,每个分子与固定在纳米孔底部...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》 和《ATAC-seq数据分析》 就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法, 原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序。 真核生...