ChIP-Atlas是一个用于可视化和利用ChIP-seq公共数据的综合和全面的数据库。研究人员充分整合了6个代表性模式生物(人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫和芽殖酵母)的公共 ChIP-seq和DNase-seq数据(n > 7万)。ChIP-Atlas能够显示归档在NCBI SRA中的所有公开ChIP-seq和DNase-seq数据的比对和峰值调用结果,其中包括GEO、ArrayExp...
使用Chip-Atlas可以查找特定基因的表达模式,了解基因在各种组织、细胞系和疾病中的表达情况。以下是对Chip-Atlas数据库的使用方法的相关参考内容: 1.搜索特定基因:在Chip-Atlas的首页上有一个搜索框,可以在其中输入基因的名称或基因号来搜索特定基因。搜索结果将显示该基因在不同组织和细胞系中的表达模式,并提供相关...
一、数据库访问 chip-atlas数据库可以通过互联网进行访问,用户可以直接在浏览器中输入chip-atlas的网址进行访问。在数据库主页上,用户可以找到相关的数据集和工具,以及数据库的最新更新信息。 二、数据查询 1. 数据集查询: chip-atlas数据库中包含了大量的ChIP-seq和ATAC-seq数据集,用户可以通过关键词搜索或浏览数据...
ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org) 的确不是全网第一个做ChIP-seq and DNase-seq数据整合的网页工具,虽然是2018年11月才正式发表,但是也陆陆续续开发了好几年,这些年不少同类型数据库网页工具被其它课题组发表,其中比较出名能被拿出来比较的有下面4个: 简单来说,提供bam或者bw文件可视化的只有Cistrome DB和...