本文将介绍chip-atlas数据库的使用方法,包括数据库的访问、数据查询和分析等内容,帮助用户更好地利用该数据库进行科研工作。 一、数据库访问 chip-atlas数据库可以通过互联网进行访问,用户可以直接在浏览器中输入chip-atlas的网址进行访问。在数据库主页上,用户可以找到相关的数据集和工具,以及数据库的最新更新信息。
使用Chip-Atlas可以查找特定基因的表达模式,了解基因在各种组织、细胞系和疾病中的表达情况。以下是对Chip-Atlas数据库的使用方法的相关参考内容: 1.搜索特定基因:在Chip-Atlas的首页上有一个搜索框,可以在其中输入基因的名称或基因号来搜索特定基因。搜索结果将显示该基因在不同组织和细胞系中的表达模式,并提供相关...
https://chip-atlas.org/ 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 1. Peak Browser 浏览不同物种,不同细胞类型,不同抗体的peak结果,检索框...
根据用户上传的bed文件,查询数据库全部bed的peaks结果,看相似性。 和其它类似数据库比较 ChIP-Atlas (http://) 的确不是全网第一个做ChIP-seq and DNase-seq数据整合的网页工具,虽然是2018年11月才正式发表,但是也陆陆续续开发了好几年,这些年不少同类型数据库网页工具被其它课题组发表,其中比较出名能被拿出来...
04 使用ChIP-Atlas 该数据库主要分为四个功能:(1) Peak Browser;(2) Target Genes;(3) Colocalization;(4) Enrichment Analysis。并且该数据库的开发人员还很暖心的在每个功能中添加了教学视频,只可惜视频链接在YouTube上。 4.1 Peak Browser Peak Browser:主要用于查看不同物种/组织/细胞、不同抗体的Peak结果...
是一个数据库,它收集根据ChIP-Seq和DNase-Seq数据计算出的床文件,这些数据已存储在Sequence Read Archive(SRA)中。 该数据库具有Web界面,可从计算出的峰调用数据中探索分析结果。 该存储库包含webapp代码和数据库文档。 浓缩分析功能的停机时间 的ChIP-Atlas在提供在线富集分析功能。 后台计算依赖于,该由 )托管,而...
前年在中科院做培训时,整理了一套ChIP-seq分析流程,截选实战部分,略作修改,分享出来,希望大家指正。 那次培训内容比较杂,还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过,链接如下: UCSC…
若前期未进行seq实验,也可利用一些ChIP数据库(如Cistrome DB)查看其他学者是否有进行对应蛋白的ChIP实验,利用别人的结果进行验证(3)。此外,若研究的物种为一些常规物种(如人、鼠),也可利用Jaspar这类转录因子结合位点收纳数据库寻找到转录因子的结合位点,随后在感兴趣的靶基因序列中寻找是否有对应结合区域(4)。 悄悄...
其实如果你看过我表观组学系列,比如《ChIP-seq数据分析》和《ATAC-seq数据分析》就会知道这些技术都可以被单细胞化, 如果你具备比较好的背景知识,理论上是可以自己根据文档把它们对应的单细胞水平的数据分析摸索成功。那就作为学徒作业吧,摸索scChIPseq数据分析流程!
ChIP-Atlas收集整理了SRA数据库中的大量chip_seq数据,并基于这些原始数据进行了后续分析,将分析结果整理成在线服务并发布,方便检索与查询,网址如下 https:/// 构建的流程如下 下载SRA原始数据,采用sratoolkit转换成fastq, 然后用bowtie2比对参考基因组,用macs2进行peak calling。官网提供了以下几个功能 ...