ChIP-Atlas (https://chip-atlas.org/) presents a suite of data-mining tools for analyzing epigenomic landscapes, powered by the comprehensive integration of over 376 000 public ChIP-seq, ATAC-seq, DNase-seq and Bisulfite-seq experiments from six representative model organisms. T...
使用Chip-Atlas可以查找特定基因的表达模式,了解基因在各种组织、细胞系和疾病中的表达情况。以下是对Chip-Atlas数据库的使用方法的相关参考内容: 1.搜索特定基因:在Chip-Atlas的首页上有一个搜索框,可以在其中输入基因的名称或基因号来搜索特定基因。搜索结果将显示该基因在不同组织和细胞系中的表达模式,并提供相关...
有些转录因子在行使功能时是通过蛋白复合体的形式来发挥作用,比如Pou5f1,Nanog, Sox2这三个转录因子,它们对应的peak区间在基因上的位置是非常的邻近的,Colocalization分析就是比较多个转录因子的chip数据,来识别潜在的蛋白复合体,检索框如下 检索结果如下 4. Enrichment Analysis 和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录...
chip-atlas数据库可以通过互联网进行访问,用户可以直接在浏览器中输入chip-atlas的网址进行访问。在数据库主页上,用户可以找到相关的数据集和工具,以及数据库的最新更新信息。 二、数据查询 1. 数据集查询: chip-atlas数据库中包含了大量的ChIP-seq和ATAC-seq数据集,用户可以通过关键词搜索或浏览数据集列表来获取感兴...
ChIP-Atlas是一个用于可视化和利用ChIP-seq公共数据的综合和全面的数据库。研究人员充分整合了6个代表性模式生物(人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫和芽殖酵母)的公共 ChIP-seq和DNase-seq数据(n > 7万)。ChIP-Atlas能够显示归档在NCBI SRA中的所有公开ChIP-seq和DNase-seq数据的比对和峰值调用结果,其中包括GEO、ArrayExp...
在没有任何思路的情况下,不妨尝试用现有的public chip-seq的数据来看一看调控这个基因的TF都有什么。 进入Chip-Atlas的Enrichment Analysis ChIP-Atlaschip-atlas.org/enrichment_analysis 2. 选择species,这里我选择第一个,也就是人的。 3. 我会在第一栏选择TF and others以节省时间,你也可以选择all antigen...
ChIP-Atlas:基于公共chip_seq数据进行分析挖掘 查看原文 如何从NCBI下载SRA数据 经常需要在GEO中下载测序数据原始文件,得到sra编号之后,有两种方法下载: 一、可以通过在ebi(http://www.ebi.ac.uk/)中搜索SRA编号,然后用aspera直接下载fastq文件,详情参考本博客《Chip-seq流程报告》 二、然而有的数据在ebi上并没有...
ChIP-Atlas is a database collecting the bed files calculated from the ChIP-Seq, DNase-Seq, ATAC-Seq, and Bisulfite-seq data archived in Sequence Read Archive (SRA). The database has a web interface to explore the analysis results from the calculated peak call data. This repository contains...
ChIP-Atlas (http://chip-atlas.org) 的确不是全网第一个做ChIP-seq and DNase-seq数据整合的网页工具,虽然是2018年11月才正式发表,但是也陆陆续续开发了好几年,这些年不少同类型数据库网页工具被其它课题组发表,其中比较出名能被拿出来比较的有下面4个: ...
and Sox2 in mouse ES cells). ChIP-seq profiles of such TFs are often similar, showing colocalization on multiple genomic regions. The ChIP-AtlasColocalizationpredicts colocalization partners of given TFs, evaluated through comprehensive and combinatorial similarity analyses of all public ChIP-seq data...