在研究gene regulation的过程中,最常见的一个问题就是这个gene的上游是什么,调控它的转录因子(TF)是什么。在没有任何思路的情况下,不妨尝试用现有的public chip-seq的数据来看一看调控这个基因的TF都有什么。 进入Chip-Atlas的Enrichment Analysis ChIP-Atlaschip-atlas.org/enrichment_analysis 2. 选择species,这...
4. Enrichment Analysis 和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号...
ChIP-Atlas能够显示归档在NCBI SRA中的所有公开ChIP-seq和DNase-seq数据的比对和峰值调用结果,其中包括GEO、ArrayExpress、DDBJ、ENCODE、Epigenomics等。所有峰值调用数据被整合,以可视化多个组蛋白修饰和转录调控因子(TRs)在给定基因组位点的结合位点。并且整合的数据可以进一步分析,以显示TR-gene和TR-TR相互作用,以及检测...
和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!
unibind:human转录因子结合位点数据库 欢迎关注”生信修炼手册”! unibind采用了ChIP-eat这个工具对ReMap数据库中转录因子的chip_seq数据进行分析,对于来自JASPAR数据库中的人类转录因子,通过结合chip_seq数据的分析结果和转录因子的PWM等模型来准确预测转录因子结合位点,该数据库网址如下https://unibind.uio.no/数据分析的...
和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。 关于ChIP-Atlas中基于公共数据如何进行分析挖掘问题的解答就分享到这里了,希望以上内容可...
4. Enrichment Analysis 和靶基因分析正好相反,靶基因是输入转录因子的名称,查询预测的靶基因,而这部分内容是输入基因名称或者基因组区域,查询可以结合的转录因子。检索框如下所示 结果示意如下 通过ChIP-Atlas网站,可以方便的查询已有的chip_seq数据结果。
(A)差异HSFA1b靶转录因子(TF)在对照组、HSFA1b过表达组和热激组之间的表达热图 (B)RT-qPCR挑选部分把靶TF基因进行表达验证 (C)本研究CHIP-seq鉴定的HSFA1b靶基因与拟南芥顺反组图谱数据库(Arabidopsis Cistrome Atlas)中HSFA1b靶基因的重叠分析
(2)circRNA如何调控LIG1转录表达? 图3. 通过CoIP、CHIRP和RIP验证circRNA和FOX1/TET1互作的分子机制(Ref. Fig.6)。 数据库分析筛选:通过FISH和核-细胞质RNA分离实验发现,circRNA主要分布在细胞核中。利用数据库(circAtlas2.0 database,circatlas.biols.ac.cn/; ENCORI database, starbase.sysu.edu.cn/; SPP ...
GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据,采用标准流程进行peak calling分析,并基于已有的转录因子motif数据,预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下 http://gtrd.biouml.org/ 整个数据库构建的pipeline示意如下 采用bowtie2将reads与基因组进行比对,并利用MACS,SISSRS等4款软件进行...