大于30的比率Q30 Bases in UMI基于UMI的质量分数，大于30的比率 Mapping Reads Mapped to Genomes比对到参考基因组上的Reads在总Reads中占的比例；人鼠样本一般要求≥80%Reads Mapped Confidently to Genome
Reads Mapped Confidently to Genome 比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads占总Reads中占的比例;如果一条Reads既可以比对到一个基因的外显子区(exon区),又可以比对到非外显子区(非exon区),那么算Reads比对到外显子(exon区) Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 比对到基因组的基因间区域的Re...
Reads Mapped Confidently to Genome 比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads占总Reads中占的比例;如果一条Reads既可以比对到一个基因的外显子区(exon区),又可以比对到非外显子区(非exon区),那么算Reads比对到外显子(exon区) Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 比对到基因组的基因间区域的Re...
Reads Mapped Confidently to Genome 比对到参考基因组并得到转录本GTF信息支持的Reads占总Reads中占的比例;如果一条Reads既可以比对到一个基因的外显子区(exon区),又可以比对到非外显子区(非exon区),那么算Reads比对到外显子(exon区) Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions 比对到基因组的基因间区域的Re...
Reads Mapped to Genome:比对到选定基因组的reads比例 Reads Mapped Confidently to Genome:仅仅比对到基因组的reads,如果一条reads既可以比对到外显子区又可以比对到非外显子区,那么算比对到了其中一个外显子区 Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:比对到基因组的基因间区域 ...
Reads mapped to genome - 比对到选定基因组的reads Reands mapped confidently to genome - 仅仅比对到基因组的reads,如果一条reads既可以比对到外显子区又可以比对到非外显子区,那么算比对到了其中一个外显子区 Reads mapped confidently to intergenic regions - 比对到基因组的基因间区域 ...
Reads Mapped to Genome:比对到选定基因组的reads比例 Reads Mapped Confidently to Genome:仅仅比对到基因组的reads,如果一条reads既可以比对到外显子区又可以比对到非外显子区,那么算比对到了其中一个外显子区 Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:比对到基因组的基因间区域 ...
Reads Mapped Confidently to Genome这个比对率一般都能到85%以上。 Reads Mapped Confidently to Exonic Regions应该在60%以上。 右下角sample模块 样本信息,包括名称,试剂版本,比对使用的reference,cellranger版本等。 八、cellranger count结果解读之analysisi ...
可以看到,略微提升了细胞数,检测基因数。从根本原因来看,应该是由于reads mapping率的提升。这些比例:reads mapped to genome, confidently mapped to genome, confidently mapped to exonic regions,分别提升了0.3%,0.5%,0.6%,换算reads数大概为180万,300万和360万条reads。
Reads Mapped to Genome:指成功比对到基因组的读数。表示在测序数据中成功与参考基因组比对的读数。 Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions:指成功比对到基因组间区域的读数(基因之间的非编码区域)。 Reads Mapped Confidently to Intronic Regions:指成功比对到内含子区域的读数。内含子区域是基因的非编码区域...