其中,Cell Ranger的web_summary是产生在分析结束后的一个网页,提供了转录组分析的主要结果和统计信息。本文将对Cell Ranger的web_summary进行解读,并分析其中包含的重要信息。 首先,Cell Ranger的web_summary页面包含了项目的概览信息。其中,最基本的信息就是项目的开始时间和结束时间,这可以用于检查分析花费的时间长短...
一般是下载结果文件夹下的“web_summary.html” 在浏览器查看。但是样本多的时候一个一个点开查看难免觉得不方便,那么有更快的查看方法吗? 当然是有的,其实我们也可以在Linux上直接查看“metrics_summary.csv” 文件的信息。塔河“web_summary.html” 上的信息是对应的,只是文件格式不同。 了解了这一点,那么我们...
cellranger的输出文件中有一个名为web_summary的网页文件,从中我们可以大致看到当前数据的质量。 这里记录一些从summary分析数据质量的方法 从summary推断上样的细胞质量不好 可以先观察以下几个要素:细胞数目,细胞平均reads数,中位基因数。 一般来说,如果上样细胞在1万以上,而细胞数目只有寥寥几千甚至更低,那很多时候...
#1. web_summary.html 该网页的结果分成了summary和analysis两部分,summary部分包含如下结果: 1. 异常结果警告 如果数据中存在异常,在网页的头部会给黄色的警告框,如下所示 点击Details, 可以看到详细的信息,上图显示RNA reads的Q30比例太低,理想情况是大于65%, 而实际的数据只有64.4%。 2. 细胞和基因数目的评估 ...
我的结果: web_summary.html文档 打开时就能对数据进行一个判断,网页顶端颜色显示为黄色或者红色说明数据存在异常 看看我的,数据质量有点差,怎么回事 糟糕,从小鼠的5个样品的10x技术单细胞转录组上游定量(文末赠送全套代码)项目copy脚本的时候参考基因组忘记从小鼠改为人了: ...
Web Summary: Cell Ranger multiThe cellranger multi pipeline outputs an interactive web_summary.html file that contains summary metrics and automated secondary analysis results. If an issue was detected during the pipeline run, an alert appears on this page (see also the Cell Ranger troubleshooti...
web_summary.html文档 打开时就能对数据进行一个判断,网页顶端颜色显示为黄色或者红色说明数据存在异常 看看我的,数据质量有点差,怎么回事 糟糕,从小鼠的5个样品的10x技术单细胞转录组上游定量(文末赠送全套代码)项目copy脚本的时候参考基因组忘记从小鼠改为人了: ...
web_summary.html:报告网页(单细胞定量后的报告,包括检测到的细胞数、基因数、UMI、分群等等) ENDCell Ranger 以上就是cellranger的下载、安装以及初步的使用流程,希望能够帮到大家啦~ 三、结果解读 首先我们了解一下运行完Cell Ranger之后,在哪里可以看到生成的结果 ...
文件web_summary.html汇总分析结果。如果在运行期间检测到问题,此页面上会显示warning或error 。 Reads Mapped to Any V(D)J Gene:比例越高,效果越好,一般大于60%,如果这个值比较低,可能是PCR扩增环节的循环数不够。 V(D)J Expression:这部分值取决于样本,通常能观察到TRB基因的表达大于TRA,Ig通常比TCR表达量...
The web summary for Gene Expression and CRISPR Guide Capture libraries will have the same Summary and Gene Expression tabs. The Summary tab has two additional tables: Single cell behavior can be demonstrated by experiments with a known mixture of cells from multiple species. For example, thishuman...