cloupe.cloupe:官方的可视化工具Loupe Cell Browser输入文件 结果Outs目录 5. 多个细胞定量结果的整合 当处理多个生物学样本或者一个样本存在多个重复/文库时,最好是先分别对每个文库进行单独的count定量,然后将定量结果使用cellranger aggr整合起来。 # 获取样本molecule_info.h5文件相对路径find SRR7692286 -type f -...
我们得比较一下,作者的cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组得到的表达矩阵,跟我们使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本后的表达矩阵是否有差异。 幸运的是,作者在GEO数据库也放上去了自己cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组得到的表达矩阵,所以我们只需要下载走seurat3的降维分群即可跟昨天的教程...
To combine Cell Multiplexing with non-Cell Multiplexing data,cellranger aggr(v6.0 and later) requiresidentical references(including feature/CMO reference). Therefore,non-Cell Multiplexingdata must be re-run with theCMO reference filethat specified Cell Multiplexing tags (CMOs) for theCell Multiplexingda...
How are donor and origin values used in aggr? There are three ways Cell Ranger can process the datasets depending on the combination of donor and origin values: If two datasets come from the same donor but have different origins, Cell Ranger will rerun the clonotype grouping algorithm on the...
分析10X genomics的单细胞数据,第一步就是用cellranger软件对FASTQ测序数据进行分析。cellranger处理scRNA-seq数据的分析流程可以划为四步:拆分数据(mkfastq)、细胞定量(count)、定量整合(aggr)、数据下游分析(reanalysis)。但是目前,单细胞数据下游分析一般交给Seurat或Scanpy,因此cellranger的主要用途是使用测序数据(fastq...
cellranger aggr 流程:接受cellranger count的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如tumor组原来有4个样本,PBMC组有两个样本,现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵,并且进行标准化去掉测序深度的影响。 cellranger reanalyze 流程:接受 cellranger count 或 cellranger aggr 的输出文件,...
在学习cellranger aggr这一步之前,还是需要再一次复习10x Genomics的测序原理。 在cellranger aggr部分,官网(https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/aggregate)是这么说的: When doing large studies involving multipleGEM wells, runcellranger counton FASTQ data...
结论就是seurat3的merge功能和cellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组的效果是类似的,但是仍然是有学员提出merge完全不带任何样本效应处理的功能,就只是合并一下数据,这个时候SCtransform就值得拥有。 我们下一讲会详细说明,其实大家也可以自己看看试试看更多数据整合,去除批次效应算法,比如 ...
cellranger 我们得比较一下,作者的ellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组得到的表达矩阵,跟我们使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本后的表达矩阵是否有差异。 幸运的是,作者在GEO数据库也放上去了自己ellranger的aggr整合多个10X单细胞转录组得到的表达矩阵,所以我们只需要下载走seurat3的降维分群即可跟...
分析10X genomics的单细胞数据,第一步就是用cellranger软件对FASTQ测序数据进行分析。cellranger处理scRNA-seq数据的分析流程可以划为四步:拆分数据(mkfastq)、细胞定量(count)、定量整合(aggr)、数据下游分析(reanalysis)。但是目前,单细胞数据下游分析一般交给Seurat或Scanpy,因此cellranger的主要用途是使用测序数据(fastq...