analysis:数据分析目录,下面又包含聚类clustering(有graph-based & k-means)、差异分析diffexp、主成分线性降维分析pca、非线性降维tsne molecule_info.h5:下面进行aggregate使用的文件 cloupe.cloupe:官方可视化工具Loupe Cell Browser 输入文件 此外,原推文还提到了一些内置软件和算法、如何自主构建参考信息以及多个文库的...
analysis: 数据分析目录,包含聚类clustering(有graph-based & k-means)、差异分析diffexp、主成分线性降维分析pca、非线性降维tsne molecule_info.h5:下一步进行aggregate使用的文件 cloupe.cloupe:官方的可视化工具Loupe Cell Browser输入文件 结果Outs目录 5. 多个细胞定量结果的整合 当处理多个生物学样本或者一个样本...
vdj Assembles single-cell VDJ receptor sequences from 10x Immune Profiling libraries aggr Aggregate data from multiple Cell Ranger runs reanalyze Re-run secondary analysis (dimensionality reduction, clustering, etc) targeted-compare Analyze targeted enrichment performance by comparing a targeted sample to ...
cellranger aggraggregates outputs from multiple runs ofcellranger count, normalizing those runs to the same sequencing depth and then recomputing the gene-barcode matrices and analysis on the combined data.aggrcan be used to combine data from multiple samples into an experiment-wide gene-barcode ...
├── molecule_info.h5#UMI 信息,cellranger aggr aggregate 数据的时候会用到的文件 ├── possorted_genome_bam.bam# 比对到参考基因组和转录本上并带有 barcode 信息的 reads 信息 ├── possorted_genome_bam.bam.bai# possorted_genome_bam.bam 的索引文件├── raw_feature_bc_matrix # 未经过滤...
├── molecule_info.h5【aggregate的时候会用到的文件】 ├── raw_feature_bc_matrix【原始barcode信息】 │ ├── barcodes.tsv.gz │ ├── features.tsv.gz │ └── matrix.mtx.gz ├── possorted_genome_bam.bam【比对文件】 ├── possorted_genome_bam.bam.bai【索引文件】 ...
molecule_info.h5:下面进行aggregate使用的文件 cloupe.cloupe:官方可视化工具Loupe Cell Browser 输入文件 一些内置软件和算法 基因组比对—是否在外显子? 利用了STAR比对工具,这款比对工具比对速度快,灵敏度高,是ENCODE、GATK推荐使用的工具,允许基因的可变剪切。比对完之后,利用GTF文件将reads溯源回外显子区、内含子...
molecule_info.h5:下面进行aggregate使用的文件 cloupe.cloupe:官方可视化工具Loupe Cell Browser 输入文件 一些内置软件和算法 基因组比对—是否在外显子? 利用了STAR比对工具,这款比对工具比对速度快,灵敏度高,是ENCODE、GATK推荐使用的工具,允许基因的可变剪切。比对完之后,利用GTF文件将reads溯源回外显子区、内含子...
[count, vdj_t, vdj_b] - 'Sample2' contains [count, vdj_b] To aggregate `multi` outputs, all the individual inputs must contain the same set of library types. If you would like to use `aggr` for only one library type, you can supply the respective `molecule_info` (for `count`)...
有一天,一个生信菜鸟突然想尝试一下Cellranger aggr在合并两个Sample的效果,由于之前都是利用Seurat的CCA功能来移除Batch effects, 在Aggregate 的时候突然报错提示两个样本的Molecular info h5是基于不同的转录组版本Mapping的,于是作者不得不重新跑了一下数据,跑完之后惊讶的发现细胞数目多了很多(多了大约2000个细胞...