当处理多个生物学样本或者一个样本存在多个重复/文库时,最好的操作就是先分别对每个文库进行单独的count定量,然后将定量结果利用aggr组合起来
cellranger aggr:接受cellranger count的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如tumor组原来有4个样本,PBMC组有两个样本,现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵,并且进行标准化去掉测序深度的影响 cellranger reanalyze:接受cellranger count或cellranger aggr生成的gene-barcode矩阵,使用不同...
cellranger单细胞分析流程主要分为:数据拆分cellranger mkfastq、细胞定量cellranger count、GEM整合cellranger aggr、定制调整cellranger reanalyze。还有一些用户可能会用到的功能:mat2csv、mkgtf、mkref (构建索引)、vdj、mkvdjref、testrun(测试软件是否安装成功和输出结果的结构)、upload、sitecheck。 本文主要介绍常...
4.cellranger aggr: 用于整合count或者multi的结果。 5.cellranger reanalyze: 对countmultiaggr的结果进行重新分析,分析过程中可以调整参数以达到重新聚类的目的。 总结 不同情景下各模块的分析如下所示: 单样本单次建库单次测序:mkfastq+count 单样本单次建库多次上机:多个mkfastq+单次count 单样本多次建库单次上...
cellranger aggr 流程 ：其功能为将多个 cellranger count 产生的数据进行整合、标准化，并可以对整合后的数据进行分析。cellranger reanalyze 流程 ：其功能为使用 cellranger count 或 cellranger aggr 产生的表达矩阵重新进行降维、聚类等后续分析。以上四个pipeline 均将转录组常用比对软件 STAR 封装其中...
cellranger aggr 的使用方法 在涉及多个 GEM Well 的大型研究时,分别运行 cellranger count 对每个 GEM Well 的 FASTQ 数据进行分析,然后使用 cellranger aggr 汇总结果。 Tips: 如何理解 GEM Well? 每个GEM Well 是一组物理上不同的 GEM 分区,但是从有效 barcode 池中随机抽取 barcode 序列,称为 barcode ...
Cell Ranger主要的流程有:拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze,还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun。 但是,大概率上,我们只需要使用它的定量流程,就是 cellranger count 命令,教程在consult Running 10x Pipelines on FASTQ Files,主要...
cellranger aggr 流程:接受cellranger count的输出数据,将同一组的不同测序样本的表达矩阵整合在一起,比如tumor组原来有4个样本,PBMC组有两个样本,现在可以使用aggr生成最后的tumor和PBMC两个矩阵,并且进行标准化去掉测序深度的影响。 cellranger reanalyze 流程:接受 cellranger count 或 cellranger aggr 的输出文件,...
molecule_info.h5 多样本整合aggr分析输入文件 cloupe.cloupe 配套软件Loupe Cell Browser 输入文件 Tips:cellranger count并不能对一些低质量的细胞(比如线粒体表达高处于凋亡的细胞)以及可能包含多个细胞的结果进行过滤。 cellranger aggr GEM文库整合 当实验中用到了多个GEM well,需要整合分析时,选择该分析,该分析...