一般是Number of Reads 除以Estimated Number of Cells的数值，至少测到20K reads才能反映真实的细胞状况，比较好的数据推荐测到30k reads/cell以上Median Genes per Cell每个细胞检测到的基因中位数 Sequencing Number of Reads整个样本测到的reads总数Valid Barcode...
如果样品中游离的mRNA很多,该数值相对就会偏低,这个参数反映测序数据的利用率 Median Genes per Cell 每个细胞检测的基因中位数;一般要求≥700,有利于细胞分群,每个细胞的基因中位数与样本的细胞类型有关,例如成熟B细胞、T细胞检测到的基因中位数较少,而肿瘤组织、干细胞等组织,基因表达水平高,检测到的基因中位数也...
如果样品中游离的mRNA很多,该数值相对就会偏低,这个参数反映测序数据的利用率 Median Genes per Cell 每个细胞检测的基因中位数;一般要求≥700,有利于细胞分群,每个细胞的基因中位数与样本的细胞类型有关,例如成熟B细胞、T细胞检测到的基因中位数较少,而肿瘤组织、干细胞等组织,基因表达水平高,检测到的基因中位数也...
如果样品中游离的mRNA很多,该数值相对就会偏低,这个参数反映测序数据的利用率 Median Genes per Cell 每个细胞检测的基因中位数;一般要求≥700,有利于细胞分群,每个细胞的基因中位数与样本的细胞类型有关,例如成熟B细胞、T细胞检测到的基因中位数较少,而肿瘤组织、干细胞等组织,基因表达水平高,检测到的基因中位数也...
Median Genes per Cell(每个细胞的中位基因数) • 参考范围:对于哺乳动物细胞,通常每个细胞会检测到1000-3000个基因。如果是某些高度活跃的细胞(如免疫细胞),这个值可能更高。 • 判断标准:每个细胞的中位基因数应至少在800-1000个以上。如果远低于这个数值,可能表示实验数据的覆盖率或细胞活性较差。如果检测到...
Median genes per cell - 每个细胞基因数的中位数 Sequencing中: Number of reads - 测到的总read数目 Valid barcodes - UMI校正后匹配的UMI数量 Sequencing saturation:测序饱和度,一般60-80%比较合适(阈值范围可以适当调整,但是高于70%/80%左右绝对OK) ...
Median genes per cell - 每个细胞基因数的中位数 Sequencing read1测的是16bp barcode和10 bp UMI的碱基序列(对于V2试剂),read2测的是cDNA的碱基序列: Number of Reads :整个样本测到的中的reads数目 Valid Barcodes :UMI校正后匹配的Barcodes比例
4,Median Genes per Cell 和summary里面Median Genes per Cell参数也是相对应的。 上两个图都是对reads抽样,观察不同抽样条件下检测到的转录本数量占检测到的所有转录本的比例,并绘制曲线。发现抽样越多,饱和度越高,每个细胞基因数的中位数也越高。只要饱和度大于80%都是很不错了。因为基本就可以代表整个样本了...
Median Genes per Cell:表示每个细胞所检测到的基因数的中位数。 Valid Barcodes:在测序过程中成功识别和记录的细胞barcode数。barcode是用于区分不同细胞的唯一标识。 Sequencing Saturation:指测序饱和度,也就是测序数据中已经覆盖的基因的比例。表示在测序中已经检测到的基因占总基因数的比例。
Median genes per cell - 每个细胞基因数的中位数 Sequencing read1测的是16bp barcode和10 bp UMI的碱基序列(对于V2试剂),read2测的是cDNA的碱基序列: Number of Reads :整个样本测到的中的reads数目 Valid Barcodes :UMI校正后匹配的Barcodes比例