通过GWAS Catalog的官网,用户可以方便地进行检索、查询和下载对应的信息。常用的功能模块包括: Search GWAS Catalog的搜索功能非常强大,用户可以根据多种条件进行检索,包括publications(文献)、variants(变异位点)、traits(性状)、genes(基因)和region(区域)等。以突变位点rs7329174为例,输入关键词后,搜索结果将显示该位点...
",进入页面:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics,得到一个由三部分组成的界面 1)List of published studies with summary statistics:这里的GWAS研究都是已经发表的,质量有保证,你可以在检索框里输入关键词("First author", "Study accession", "Reported trait", "Trait(s)")进行筛选 2...
GWAS Catalog,查啥? 今天我们来聊聊GWAS Catalog,这可是全球最大的GWAS Summary数据库哦!这个数据库是由NHGRI在2008年建立的,真的是相当牛气。 查找性状 首先,你要找什么性状?直接在搜索框里输入关键词就行啦!比如说,你想找和某种疾病相关的GWAS数据,输入关键词后,你会看到一堆结果。每个结果都会告诉你这个性状...
多种性状的比较分析:GWAS Catalog提供了大量与多种性状和疾病相关的数据,研究者可以进行不同性状之间的比较分析,识别共享的遗传变异。这种比较可以揭示不同疾病间的遗传关联性,为多种疾病的共病机制提供线索。 基因组关联网络构建:利用GWAS Catalog数据,研究者可以构建基因组关联网络,探索变异、基因与表型之间的关系。通...
GWAS Catalog Submisson: GWAS Catalog Submissionwww.ebi.ac.uk/gwas/deposition 一、填写基本信息 1.1 Get started! 1.2 根据自己项目情况填写 1.3 写入对项目的描述、作者等信息 1.4 把所有勾选上,点击Create Submission 这里注意要先安装和配置Globus哦 ...
EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-244220 publications107486 SNPs157336 associationsGenome assembly GRCh38.p12dbSNP Build 151Ensembl Build 96 基本的搜索方法 搜索表型：如breast carcinoma，会得到相关的非常规范的表型信息，EFO，就像GO一样，...
整理GWAS Catalog数据下载链接。在本视频中,我们将介绍如何整理和获取GWAS Catalog中他人论文中的数据下载链接。还想学习哪些知识,可以评论区留言告诉我!代码领取后台tt,可答疑可辅导可分析, 视频播放量 485、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 7、收藏人数 13、转发人数
作者使用这些数据的GWAS的关联结果,利用cFDR的方法发现这些疾病关联的多效基因。 QQ图展示多效富集 分别绘制以10 种自身免疫性疾病为主要性状,ALS为条件性状的条件分层QQ图,发现曲线随着与条件性状的关联p值阈值逐渐降低而出现分离,表示有明显的富集趋势。
GWAS Catalog是EBI旗下的一个数据库,收录了公开发表的GWAS分析结果,截止2019-11-21,收录了16万个SNP位点和疾病之间的关联信息,更多信息汇总如下 通过官网,可以方便的检索,查询和下载对应的信息,常用的有以下3个模块 1. Search 可以根据以下多种条件进行检索 ...
GWAS Catalog是EBI旗下的一个数据库,收录了公开发表的GWAS分析结果,截止2019-11-21,收录了16万个SNP位点和疾病之间的关联信息,更多信息汇总如下 通过官网,可以方便的检索,查询和下载对应的信息,常用的有以下3个模块 1. Search 可以根据以下多种条件进行检索 ...