GWAS catalog数据库于2008年由National Human Genome Research Institute (NHGRI)建立,旨在应对快速增长的全基因组关联分析(GWAS)数据。该数据库为我们检索已发表GWAS与显著相关提供了方便。 该数据库中主要包含了已发表或未发表GWAS的Summary statistics ,截止到2024年3月28日,GWAS catalog已经收录了6,799篇文献,包括58...
通过GWAS Catalog的官网,用户可以方便地进行检索、查询和下载对应的信息。常用的功能模块包括: Search GWAS Catalog的搜索功能非常强大,用户可以根据多种条件进行检索,包括publications(文献)、variants(变异位点)、traits(性状)、genes(基因)和region(区域)等。以突变位点rs7329174为例,输入关键词后,搜索结果将显示该位点...
AraGWAS Catalog[3]是一个专注于拟南芥GWAS研究的数据收集网站,并于2020年发表在Nucleic Acids Research期刊上 数据方面,提供可浏览可下载的GWAS研究数据,表型注释结果,包括462份公开的研究数据,462种表型数据,共涉及44680个显著关联位点 功能方面,支持基因、变异位点等查询、提供所有GWAS研究的全基因组显著关联位点可视化...
常用的GWAS summary data数据库汇总如下。 ✅GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。该数据库提供了以下信息:关联的...
如果你要进行孟德尔随机化的研究,GWAS Catalog是一个必不能错过的数据库。 它包含以下类型的数据: 1. 遗传变异和基因型数据:该目录包含大量的遗传变异数据,通常以单核苷酸多态性(SNP)的形式呈现。这些SNPs与各种性状、疾病和特征相关联。GWAS Catalog 提供了这些SNPs的信息,包括基因型频率、统计关联系数、p-value等...
GWAS(Genome-Wide Association Studies)Catalog是一个重要的数据库,集中存储与多种性状和疾病相关的基因组关联研究结果。分析GWAS Catalog的数据可以从多个角度入手,主要包括以下几个方面: 数据检索与筛选:使用GWAS Catalog的在线工具,可以根据特定的性状、疾病或基因进行数据检索。用户可以利用各种过滤条件,如样本大小、出版...
今天我们来聊聊GWAS Catalog,这可是全球最大的GWAS Summary数据库哦!这个数据库是由NHGRI在2008年建立的,真的是相当牛气。 查找性状 首先,你要找什么性状?直接在搜索框里输入关键词就行啦!比如说,你想找和某种疾病相关的GWAS数据,输入关键词后,你会看到一堆结果。每个结果都会告诉你这个性状的名字(Trait)和相关的...
什么是Experimental Factor Ontology？什么是LD information (r2 and D’ values)？Mathematical properties of the r2 measure of linkage disequilibrium 待续~GWAS Catalog数据库简介 标签：loadproceduremissing问题：linkagegenids基本using 标签 load procedure missing 问题： linkage gen ids 基本 using ...
图中用红色标记的是冠心病研究的协作体。 GWAS catalog数据库是一个宝藏,米老鼠在这里抛砖引玉,希望大家能更深入地研究利用它,也欢迎私信交流你的idea(微信:MedGen16)! PS: GWAS catalog有时候需要开国外代理模式才能使用,小伙伴们提前准备好哈!
GWAS Catalog数据库:https://www.ebi.ac.uk/gwas/ GWAS Catalog(全称:Genome-Wide Association Study Catalog)是一个存储基因组范围关联研究(GWAS)结果的数据库。收集、整理和提供了各种研究中发现的基因-表型关联数据。其是EMBL-EBI旗下的一个数据库,收录了比较全的公开发表的GWAS分析结果。