另一个可能导致GWAS数据库打不开的原因是浏览器问题。一些老旧的浏览器可能不支持访问某些数据库,或者浏览器的某些设置可能阻止了对数据库的访问。用户可以尝试更新浏览器,更换浏览器,或者检查浏览器设置来解决这个问题。 III、数据库服务器问题 数据库服务器问题是另一个可能导致GWAS数据库打不开的原因。如果服务器正...
GWAS catalog数据库于2008年由National Human Genome Research Institute (NHGRI)建立,旨在应对快速增长的全基因组关联分析(GWAS)数据。该数据库为我们检索已发表GWAS与显著相关提供了方便。 该数据库中主要包含了已发表或未发表GWAS的Summary statistics ,截止到2024年3月28日,GWAS catalog已经收录了6,799篇文献,包括58...
前四个字母是“GCST”,可以是向量类型;(2)参数association_id:代表GWAS catalog里的关联信息ID,是一个数字,可以是向量类型;(3)参数variant_id:代表GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型;(4)参数efo_id:代表GWAS Catalog里性状的ID号,以“EFO”开头,可以是向量类型;(5)参数pubmed_id:代表...
第三块是“Additional sources of summary statistics“(如下图所示):这里整理汇总了目前GWAS研究协作体(consortium)的相关信息。一般这些协作体会建有自己的网站来存储数据,我们可以到它们的官网上下载完整的GWAS summary 数据。图中用红色标记的是冠心病研究的协作体。 GWAS catalog数据库是一个宝藏,米老鼠在这里抛砖...
说是数据库，其实就是一个table，从这里下载，不过100MB 表里面有这些数据：DATE ADDED TO CATALOG* +: Date a study is published in the catalog PUBMEDID* +: PubMed identification number FIRST AUTHOR* +: Last name and initials of first author DATE* +: Publication date (online (epub...
1. 下载表型数据 比如搜索肥胖表型,会出现如下界面: Manhattan Plot (genotyped): Manhattan Plot (imputed): Q-Q Plot: 此外,还提供了计算这个表型所用的样本信息。 比如case有多少例,control多少例。 男性和女性是否都纳入分析。 2. 下载一个或多个variants数据 ...
分析方法: 使用MANOVA对寿命、健康寿命、父母寿命三个不同的GWAS summary文件进行荟萃分析。随后对感兴趣的基因座按照性别和年龄进行分层分析,用GWAS catalog和PhenoScanner查找感兴趣基因的相关表型。使用SMR进行基因表达共定位分析,使用FUMA的Gene2Func进行基因富集分析,使用TwoSampleMR进行孟德尔随机化随机化; ...
GWAS Catalog是EBI旗下的一个数据库,收录了公开发表的GWAS分析结果,截止2019-11-21,收录了16万个SNP位点和疾病之间的关联信息,更多信息汇总如下 通过官网,可以方便的检索,查询和下载对应的信息,常用的有以下3个模块 1. Search 可以根据以下多种条件进行检索 ...
首先,进入GWAS catalog的官网(ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:ebi.ac.uk/gwas/download) 该界面主要由三部分组成 第一块是“List of published studies with summary statistics“(如下图所示):这里的...