看到这个数据集有个Download VCF的标志,这种数据一般就是可以下载的,一般来讲,如果没有这个标志,就说明这个数据可能未公开或者无法下载,但是这个也不绝对。 2.GWAS Catalog https://www.ebi.ac.uk/gwas/home这也是一个常用的数据库,但这个数据库里经常会有一些不太完整的数据,所以我们查找的时候需要注意一下。 ...
GWAS catalog数据库于2008年由National Human Genome Research Institute (NHGRI)建立,旨在应对快速增长的全基因组关联分析(GWAS)数据。该数据库为我们检索已发表GWAS与显著相关提供了方便。 该数据库中主要包含了已发表或未发表GWAS的Summary statistics ,截止到2024年3月28日,GWAS catalog已经收录了6,799篇文献,包括58...
第三块是“Additional sources of summary statistics“(如下图所示):这里整理汇总了目前GWAS研究协作体(consortium)的相关信息。一般这些协作体会建有自己的网站来存储数据,我们可以到它们的官网上下载完整的GWAS summary 数据。图中用红色标记的是冠心病研究的协作体。 GWAS catalog数据库是一个宝藏,米老鼠在这里抛砖...
数据下载需在邮件中申请。 网站:https://ctg.cncr.nl/software/summary_statistics FinnGen: 芬兰FinnGen项目汇总了多种疾病的GWAS和PheWAS结果,包含了10多万芬兰参与者的基因组和电子健康记录数据。下载需在项目网站注册。 网站:https://www.finngen.fi/en GWAS Catalog: 欧洲生物信息研究所(EBI)汇总的GWAS Catal...
48.GWAS Catalog数据下载和处理转换beta和se值【孟德尔随机化分析之GWAS Catalog数据】 784 -- 5:16 App 03-1.本地免疫细胞孟德尔随机化分析(案例1 ieu 和 finn数据)【本地免疫细胞批量双向孟德尔随机化】 943 -- 6:05 App 78.如何批量获取芬兰数据库R11版本下载链接,孟德尔随机化GWAS数据,R脚本一键完成【生信...
首先,我们需要进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/)。GWAS catalog是由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护的一个公共数据库,致力于收集和整理已发表的GWAS研究数据。 二、点击Summary statistics 在GWAS catalog官网首页,我们可以看到多个数据下载选项。为了获取完整的GWAS summary数据,我们需要点击“Summar...
GWAS Catalog Submisson: GWAS Catalog Submissionwww.ebi.ac.uk/gwas/deposition 一、填写基本信息 1.1 Get started! 1.2 根据自己项目情况填写 1.3 写入对项目的描述、作者等信息 1.4 把所有勾选上,点击Create Submission 这里注意要先安装和配置Globus哦 Globus安装和配置(Windows下): Globus使用教程: Globus指导...
测试了一下,优点是减去了很多信息检索的工作,缺点是这个包刚开发不久,信息还不够齐全 更多详细信息请看gwasrapidd 参考文献:Magno R, Maia A T. gwasrapidd: an R package to query, download and wrangle GWAS Catalog data[J]. bioRxiv, 2019: 643940....
GWAS Catalog,查啥? 今天我们来聊聊GWAS Catalog,这可是全球最大的GWAS Summary数据库哦!这个数据库是由NHGRI在2008年建立的,真的是相当牛气。 查找性状 首先,你要找什么性状?直接在搜索框里输入关键词就行啦!比如说,你想找和某种疾病相关的GWAS数据,输入关键词后,你会看到一堆结果。每个结果都会告诉你这个性状...
说是数据库,其实就是一个table,从这里下载,不过100MB 表里面有这些数据: DATE ADDED TO CATALOG* +: Date a study is published in the catalog PUBMEDID* +: PubMed identification number FIRST AUTHOR* +: Last name and initials of first author ...