GWAS Catalog 是一个收录全基因组关联研究(GWAS)结果的公开数据库,旨在为研究人员提供与人类复杂性状和疾病相关的遗传变异信息。该数据库由欧洲生物信息学研究所(EMBL-EBI)维护,涵盖了广泛的遗传关联数据,支持生物医学研究和个性化医疗的发展。 GWAS Catalog 的主要功能 GWAS Catalog 的核...
此时,GWAS Catalog数据库应运而生,为科研人员提供了一个宝贵的资源。 GWAS Catalog是一个专门收集、整理和提供GWAS研究结果的数据库,由欧洲生物信息学研究所(EBI)负责维护。该数据库致力于将全球范围内的GWAS研究数据进行整合,为科研人员提供一个统一、便捷的查询平台。 GWAS Catalog数据库包含了丰富的信息。首先,它...
前四个字母是“GCST”,可以是向量类型;(2)参数association_id:代表GWAS catalog里的关联信息ID,是一个数字,可以是向量类型;(3)参数variant_id:代表GWASCatalog里的遗传变异信息,一般均为rsid,可以是向量类型;(4)参数efo_id:代表GWAS Catalog里性状的ID号,以“EFO”开头,可以是向量类型;(5)参数pubmed_id:代表...
首先,进入GWAS catalog的官网(https://www.ebi.ac.uk/gwas/),点击Summary statistics(如下图所示) 进入Summary statistics后点击Available studies(如下图所示) 最后,你将进入如下界面(链接:https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) 该界面主要由三部分组成 第一块是 “List of published studi...
然而,随着GWAS研究的不断发展,海量的数据使得研究者们难以快速找到所需的公开结果。这时,GWAS Catalog就成了一个不可或缺的工具。 GWAS Catalog是EBI(欧洲生物信息学研究所)旗下的一个数据库,专门收录了公开发表的GWAS分析结果。截止目前,GWAS Catalog已经收录了超过16万个SNP(单核苷酸多态性)位点和疾病之间的关联...
GWAS Catalog数据库存储了与全基因组关联分析(GWAS)相关的汇总统计数据。这些数据通常包括遗传变异标识、等位基因、效应大小及其标准差、P值、样本量等信息。数据格式可能是TSV(制表符分隔值)或其他文本格式。 2. 明确数据转化的目标和需求 在开始数据转化之前,你需要明确转化的目标和需求。例如,你可能需要将GWAS Catal...
EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ensembl Build 96 基本的搜索方法 搜索表型:如breast carcinoma,会得到相关的非常规范的表型信息,EFO,就像GO一样,是一...
EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-244220 publications107486 SNPs157336 associationsGenome assembly GRCh38.p12dbSNP Build 151Ensembl Build 96 基本的搜索方法 搜索表型：如breast carcinoma，会得到相关的非常规范的表型信息，EFO，就像GO一样，...
在孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)研究中,对于暴露数据我们只需要那些显著的SNP信息,这样的信息在各种GWAS数据库中都是很容易获取的。但是,关于结局的数据,由于需要SNP和结局不相关,所以很多时候这种不显著的结果无法直接从文章或者数据库中查询到,这时候我们需要下载完整的GWAS summary数据了,这种数据一般包含上...
GWAS(Genome-Wide Association Studies)Catalog是一个重要的数据库,集中存储与多种性状和疾病相关的基因组关联研究结果。分析GWAS Catalog的数据可以从多个角度入手,主要包括以下几个方面: 数据检索与筛选:使用GWAS Catalog的在线工具,可以根据特定的性状、疾病或基因进行数据检索。用户可以利用各种过滤条件,如样本大小、出版...