【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2527、弹幕量 0、点赞数 99、投硬币枚数 53、收藏人数 368、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
本研究结果显示,中性粒细胞中的雌激素反应受到抑制,这与BulkRNA-seq分析的结果一致,表明大多数中性粒细胞介导的过程在UTI组中受到抑制。 图5 UTI和对照组的单细胞RNA-seq分析。(A)有和无UTI治疗样本的倾向评分匹配的平衡诊断;(B)...
现在纯生信文章还能发吗?当然可以!这篇文章零实验,scRNA-seq与bulk RNA-seq联 合分析,两种测序结果相互印证,轻松发7分+文章!关注起来,布小谷这里有很多生信热点等你来哦,手把手教你如何轻松上手生信文章!肿瘤相关成纤维细胞(CAF)在癌症进展中起重要作用,人们对C
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
RNA-seq reads 分布 小云爱生信 382 0 第三讲 | R语言-R语言与Rstudio安装【寻因生物单细胞生信分析培训】 寻因生物 1038 1 刚确诊就进入生命倒计时!这类罕见病有多可怕? Z7正版老鸽 4.6万 142 第二期 | 创造10年无癌传奇的CAR-T疗法未来将走向何方?【单细胞很忙】 寻因生物 144 0 展开 ...
单细胞测序是对单个细胞的RNA进行测序,我们之前所接触到的都是取肿瘤组织或血液样本等,对这一群细胞的混合RNA进行测序,能够得到的是一群细胞的转录组的平均数据,或者说是代表性数据,细胞之间的异质性信息往往被掩盖。 举个例子,一块肿瘤组织,肿瘤中心与肿瘤边缘的细胞表达情况一样吗?显然不一定,而如果想研究肿瘤微...
前言:众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz…
两种技术各有优势：Bulk RNA-seq代表细胞群体，适合大规模研究，而scRNA-seq则能精细捕捉单细胞异质性。2019年Cell上的一项研究通过联合scRNA-seq和bulk RNA-seq，揭示了小鼠和人类树突状细胞的异质性基础，通过比较两种测序结果，验证了scRNA-seq的准确性，发现了新的DC亚型，并利用流式细胞术深度分析细胞...
问题:当我有一些bulk RNA-seq数据,例如高生存率与低生存率的患者组织、疾病与正常的患者组织、存在药物反应与无药物反应的患者组织。我如何找到能够影响这些条件的确切的细胞类型? Bulk数据是由多种细胞类型共…
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...