>3SD的基序被认为具有统计学意义;(C)富集基序的序列标识图;(D)前六个富集基序的结果;(E)从“mirtarbase”表中鉴别的前5个miRNA及其靶基因的网络可视化 单细胞RNA-Seq显示UTI组中骨髓源性抑制细胞(MDSC)扩增 两例接受UTI治疗的...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2287、弹幕量 0、点赞数 91、投硬币枚数 47、收藏人数 354、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
(转录组测序即RNA-seq分为bulk、single cell、single nucleus三种测序技术) 传统的转录组测序技术(bulk RNA-seq)是基于群体细胞,每个样本包含成千上万个细胞,所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平,从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。 单细胞测序不同于传统的高通量测序,它是对于一个细胞群中的某一个细...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
mRNA-Seq可提供编码转录组的完整视图,而并不受限于先验知识。 mRNA测序的优势:1、与基因表达芯片相比,mRNA-Seq在分析转录组方面具有诸多优势。2、该方法适用于更广泛的动态范围,不仅可增加灵敏度,还可提高基因表达中测量的倍数变化的准确性。3、可捕获已知特征和新发特征4、可广泛应用于众多物种...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。
前言:众所周知,RNAseq可以分为Bulk-RNAseq与scRNAseq。Bulk-RNAseq的数据量较小,单个raw fastq.gz文件<5G,普通的Mac笔记本就可以带得动,做比对和定量,完全自足;但是scRNAseq数据量较大,单个raw fast.gz…
(2)利用普通转录组深入研究,scRNA-seq绘制图谱,bulk RNA-seq针对特定细胞类型研究,以细胞类型作为入手点,然后深入解析细胞的表达特征,这个思路适合对于细胞调控机制的深入解析,同时最好是应用于模式生物中。假设单细胞转录组的图谱对巨噬细胞的深入解析,确定了FOLR2+巨噬细胞亚型作为主要效应细胞,后续就可以通过流式分...
1.Bulk RNA-seq是入门生物信息学的好途径,是学习后续进阶内容(如单细胞RNA-seq和空间RNA-seq)的基础,如果没有接触过Bulk RNA-seq,一开始就去学习单细胞RNA-seq,学习难度和成本会大大增加; 2.Bulk RNA-seq在过去、现在和未来的应用场景:十几年前Bulk RNA-seq刚出现的时候,简单测序和分析就可以发表一篇令人满意...