# 可选输出参数 --un 将未对其序列写入到指定路径 --no-unal不能map到GENOME的reads,不保留sam记录 --un-conc 不能map到GENOME的reads,fasta格式 --un-conc-gz 能map到GENOME的reads,fasta格式, gzip压缩 --al-conc 能map到GENOME的reads,fasta格式 --al-conc-gz 能map到GENOME的reads,fasta格式, gzip压...
`将至少能比对1次以上的unpaired reads输出 --un-conc <path> write pairs that didn't align concordantly to <path> --al-conc <path> write pairs that aligned concordantly at least once to <path> (Note: for --un, --al, --un-conc, or --al-conc, add '-gz' to the option name, e....
gzip压缩. --un-bz2 <path> 将unpaired reads写入到<path>, bz2压缩. --al <path> 将至少能比对1次以上的unpaired reads写入<path>. --al-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-end reads写入<path>. -...
--un-conc <path> 将不能和谐比对的paired-end reads写入<path>. --un-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-end reads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-conc-bz2 <path>... ...
bowtie2 -q --phred33 --sensitive--end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-concalconc -p 6 --reorder -x <bt2-idx> {-1 <m1gt; -2 <m2> | -U<r>} -S [<hit>] 用法:
--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩. Sam 参数: --no-unal不记录没比对上的reads. ...
--un-conc /10t/wz/SRR_Acc/bowtie2/SRR8185562_unmap:--un-conc选项后面是未比对上的read对的输出文件路径,这里是将未比对上的paired reads输出到指定文件中。 通过执行这条命令,Bowtie2将使用参考基因组的索引进行敏感本地比对,并输出比对结果到SAM文件中。同时,未比对上的paired reads会被输出到指定的文件...
nohup bowtie2 -p 5 -x /mnt/pub/work/reference/index/bowtie/hg19 -1 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_1.paired.fq.gz -2 Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054_2.paired.fq.gz -S Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054.sam --un-conc-gz Ctrl-2_BKDL202603649-1a-AK2054.clean.fastq.gz & ...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须...
比对去宿主 bowtie2-p4--un-gz sample.filter--un-conc-gz sample.filter-x human-1sample.clean_1.fq.gz-2J2.clean_2.fq.gz 输出结果中 sample.filter.1.fq.gz和 sample.filter.2.fq.gz即为去除宿主之后的reads,可以进入下一步的分析。