--un-conc <path> write pairs that didn\'t align concordantly to <path> --al-conc <path> write pairs that aligned concordantly at least once to <path>(Note:for--un, --al, --un-conc, or --al-conc, add'-gz'to the option name, e.g. --un-gz <path>, to gzip compress output...
--un<path>write unpaired reads that didn't align to<path>`将unpaired reads输出到<path>--al<path>write unpaired reads that aligned at least once to<path>`将至少能比对1次以上的unpaired reads输出 --un-conc<path>write pairs that didn't align concordantly to<path>--al-conc<path>write pairs...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] 必须...
done 参数说明: -p 参数用于指定使用的线程数。 -x 参数用于指定参考基因组的索引文件前缀 --un-conc-gz 参数用于指定输出未成功比对到参考基因组的配对reads文件,以压缩格式保存。 -1 双末端测寻对应的Read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件必须和 -2 中制定的文件一一对应 -2 双末端测寻对应的2. ...
比对去宿主 bowtie2-p4--un-gz sample.filter--un-conc-gz sample.filter-x human-1sample.clean_1.fq.gz-2J2.clean_2.fq.gz 输出结果中 sample.filter.1.fq.gz和 sample.filter.2.fq.gz即为去除宿主之后的reads,可以进入下一步的分析。
内容提示: Bowtie2 使用方法与参数详细介绍 - Public Library of Bioinformatics 懒人必看 Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S []用法：bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>]
--un-conc-bz2 <path> ... ,bz2压缩. --al-conc <path> 将至少能和谐比对一次以上的paired-endreads写入<path>. --al-conc-gz <path> ... ,gzip压缩. --al-conc-bz2 <path>... ,bz2压缩. Sam 参数: --no-unal不记录没比对上的reads. ...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] ...
Bowtie2 -q --phred33 --sensitive --end-to-end -I 0 -X 500 --fr --un unpaired --al aligned \ --un-conc unconc --al-conc alconc -p 6 --reorder -x{-1-2| -U} -S [] 用法: bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} -S [<hit>] ...