在 Linux 或 macOS 系统中，可以使用Conda进行安装：conda install -c bioconda bowtie2 或从 [Bowtie...
为了使用conda安装bowtie2,你可以按照以下步骤操作: 打开终端或命令提示符: 在Windows上,你可以搜索“命令提示符”或“PowerShell”并打开它。 在macOS或Linux上,你可以打开“终端”。 输入安装命令: 在终端或命令提示符中输入以下命令来安装bowtie2: bash conda install bowtie2 这条命令会搜索conda的可用包列...
1. Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解 2. 传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 代码语言:javascript 代码运...
简单记录一下非conda下载安装bowtie2并配置环境 安装好VMware Workstation 并在虚拟机上安装Ubuntu 打开Terminal 打开桌面路径 wget从网络获取bowtie2最新版本(我个人学习的时候安装过2.2,现在安装好的是2.3.5.1,不过现在已经有2.4版本了,区别应该不会很大……) 前面的‘(base)’是下载运行了conda后显示的,正常情况没...
方法二:使用conda安装 conda install bowtie2 -y 3.Bowtie2软件的参数解读和使用建议 3.1 参数解读 # 查看帮助信息 bowtie2 -h # 参数说明 # 常用参数: -x 由bowtie2-build所生成的索引文件的前缀,需要指定路径及其共用文件名 -1 质控后与read2配对(paired)的read1。可以为多个文件,并用逗号分开;多个文件...
1. Conda 安装 conda install -y bowtie2 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2. 传统安装 下载 ...
你到底是想安装哪种环境 我觉得minicanda就符合我的要求，轻量+特性 https://docs.conda.io/en/...
使用conda install -c bioconda bowtie2安装成功后,在用bowtie2-build构建索引时,出现报错 bowtie2-build-s_undefinedsymbol_ _ZN3tbb10interface78internal15task_arena_base19internal_initializeEv 我安装指定版本的tbb可以解决我的问题。 condainstalltbb=2020.2 ...
如果目的是与相对较短的参考序列(如细菌基因组)非常灵敏的比对,可以使用Bowtie 2完成,但也可以考虑使用NUCmer,BLAT或BLAST等工具。当参考基因组很长时,这些工具可能会非常缓慢,但当参考基因组很短时通常就足够了。这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装 4楼2022-07-29 15:36 回复 ...
最终决定还是使用Bioconda在GenekServer账户中安装生信软件。体验了各种麻烦后,真的发现的conda是个神器啊! 1.登陆GenekServer账户。 该账户由基因课 - 在线生物信息培训 - Powered By EduSoho提供,在基因课付费学习生物信息都会赠送一个GenekServer账户,供练习使用。 2.下载并安装mindiconda #进入目标文件夹后,下载...